在 Ubuntu 中升级到 R 3.4.0 和最新的 rstudio 后，rstudio 崩溃并显示“r error 4”

Question

几天前，我从 R 3.3.3 升级到 R R 3.4.0，使用

./configure  --enable-r-shlib
make
sudo make install
dpkg -i rstudio-1.0.143-amd64.deb

从命令行，R 工作得非常好：

> R.version

platform       x86_64-pc-linux-gnu         
arch           x86_64                      
os             linux-gnu                   
system         x86_64, linux-gnu           
status                                     
major          3                           
minor          4.0                         
year           2017                        
month          04                          
day            21                          
svn rev        72570                       
language       R                           
version.string R version 3.4.0 (2017-04-21)
nickname       You Stupid Darkness         
> require(utils)

> .libPaths()

[1] "/usr/local/lib/R/library"

但是，rstudio 在启动时崩溃。命令行给出：

> rstudio

"TypeError: undefined is not an object (evaluating 'window.desktopHooks.notifyRCrashed')"
QIODevice::read: device not open
QIODevice::read: device not open

另外，界面弹窗说：

The R session had a fatal error.

ERROR r error 4 (R code execution error) [errormsg=Error in as.environment(pos) : 
  no item called "package:utils" on the search list
]; OCCURRED AT: rstudio::core::Error rstudio::r::exec::evaluateString(const string&, SEXPREC**, rstudio::r::sexp::Protect*) /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/r/RExec.cpp:302

按照帖子中的建议，在手动 rm -rf ~/.rstudio-desktop 和各种其他文件夹 ~/.R* 之后，我已经多次卸载并重新安装了 R 和 rstudio。不过，没有rstudio。 我在这台机器上找不到任何其他已安装的 R 版本。 为了解决这个问题，我接下来可以尝试什么？

Answer 1

我绝对没有问题使用prebuilt R 3.4.0 binaries for Ubuntu from CRAN 以及来自 RStudio 的当前样片（我有一个 littler script to fetch them，另请参阅 matching one for RStudio Desktop）：

R> R.Version()$version
[1] "R version 3.4.0 (2017-04-21)"
R> rstudioapi::getVersion()
[1] ‘1.1.135’
R> 

如果您自己构建的 R 不起作用，也许您可​​以尝试我们许多人使用的预构建的？

编辑： 既然问题已经格式化，no item called "package:utils" on the search list 的错误就更明显了。你可能以某种方式告诉 R 忽略它自己的包。你需要解决这个问题。您的安装基本上是残废的。因此，请考虑预先构建的二进制文件。 他们工作。

Answer 2

我的猜测，基于这个输出：

> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/library"

您是否尝试使用与 R 3.3 相同的库路径？这行不通 - R 包在 R 的次要版本之间不交叉兼容。您必须重新安装要与 R 3.4.0 一起使用的任何 R 包。