Packrat 破坏 R 功能的问题

Question

我在某个时候安装了包packrat，也许用过一次，然后继续我的生活。

然而，尽管几个月没有加载它，但它仍然对我的常规 R 使用造成麻烦。

似乎随机，我在 RStudio 中的 R 会话在某些操作（尤其是包安装）时会因错误而失败。这是最新的错误消息（运行 parallel::makeCluster(parallel::detectCores()):

file(filename, "r", encoding = encoding) 中的错误：无法打开 连接

调用：源 -> 文件

另外：警告信息：

在 file(filename, "r", encoding = encoding) : 无法打开文件 'packrat/init.R': 没有这样的文件或目录

执行停止

我检查了.libPaths() 上的所有文件夹，我什至没有安装packrat。为什么R 还在尝试执行packrat 操作？我该如何阻止呢？

到目前为止，我的胶带解决方案是简单地关闭并重新打开 RStudio，这对于解决软件包安装问题很有效。

但是，我似乎无法在 只有一个 .R 脚本中解决 makeCluster(detectCores()) 的问题。它在另一个项目的另一个脚本中运行良好。

背景：

sessionInfo()
# R version 3.2.2 (2015-08-14)
# Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
# Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS

# locale:
#  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8          LC_NUMERIC=C                  LC_TIME=en_US.UTF-8          
#  [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8        LC_MONETARY=en_US.UTF-8       LC_MESSAGES=en_US.UTF-8      
#  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8          LC_NAME=en_US.UTF-8           LC_ADDRESS=en_US.UTF-8       
# [10] LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8      LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8    LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8

# attached base packages:
# [1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

# other attached packages:
#  [1] doParallel_1.0.8 iterators_1.0.7  foreach_1.4.2    geosphere_1.4-3  xlsx_0.5.7       xlsxjars_0.6.1  
#  [7] rJava_0.9-6      xtable_1.7-4     sandwich_2.3-3   texreg_1.35      maptools_0.8-36  sp_1.1-1        
# [13] ggmap_2.5.2      ggplot2_1.0.1    data.table_1.9.5

# loaded via a namespace (and not attached):
#  [1] Rcpp_0.11.6         plyr_1.8.3          tools_3.2.2         digest_0.6.8        gtable_0.1.2       
#  [6] lattice_0.20-33     png_0.1-7           mapproj_1.2-4       proto_0.3-10        stringr_1.0.0      
# [11] RgoogleMaps_1.2.0.7 maps_2.3-11         grid_3.2.2          jpeg_0.1-8          foreign_0.8-66     
# [16] RJSONIO_1.3-0       reshape2_1.4.1      magrittr_1.5        codetools_0.2-11    scales_0.2.5       
# [21] MASS_7.3-43         colorspace_1.2-6    stringi_0.5-9003    munsell_0.4.2       chron_2.3-47       
# [26] rjson_0.2.15        zoo_1.7-12 

更新 1：

安装packrat 无效。运行packrat::init() 导致在完成之前出错；没有任何改变。

更新 2：

我通过确定导致问题的工作目录来隔离问题。我正在使用的工作目录中的什么可能导致问题？之前在此目录中运行过packrat 的一些残留文件？

Answer 1

鉴于@BondedDust 的刺激，通过进一步的试验和错误，我终于似乎解决了这个问题。尽管后来卸载了packrat，但之前尝试在我正在工作的特定工作目录中使用packrat 似乎留下了一些痕迹。

特别是packrat edits your local .Rprofile（原始信用归功于@zerweck 和@snaut），即该目录中R 启动时的source()d。

如果您使用.Rprofile 来存储一些本地配置，您应该编辑文件并删除packrat 行（或任何您不认识的行）；否则，您应该删除该文件以恢复您的项目按预期工作。

Answer 2

检查您的 HOME 目录是否有无意的 .Rprofile。

如果您尝试在 HOME 中使用 packrat::init()，Packrat 可能已将其放在这里。

install.package() 与 packrat 在运行时查找 .Rprofile。我观察到的行为将 HOME .Rprofile 优先于 getwd() ，导致

cannot open file 'packrat/init.R': No such file or directory