Rmarkdown将输出文件定向到目录

Question

我发现 knitr 函数的一个非常好的技巧 (link)，您可以在其中将输出的 html 保存到输出文件夹中并使用不同的文件名。

您唯一需要前往标题的是以下内容：

title: "analysis"
author: "Me"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y, %H:%M')`"
knit: (function(inputFile, encoding) { 
      rmarkdown::render(inputFile,
                        encoding=encoding, 
                        output_file=file.path(dirname(inputFile), out_dir, 'analysis.html')) })
output:
  html_document:
    number_sections: yes
    toc: yes

这“有时”在我的 Mac 上运行得很好，但有时在查找 out_dir 变量时会遇到问题...

我首先想到的是先执行chunk，所以变量设置好了……但这并没有解决问题……

我还重新启动了 R 会话，但这没有帮助。

最后一步是关闭 R，保存工作区，在重新打开 R 并加载工作区后，它再次像魅力一样工作。

我找不到原来的帖子，有人推荐了这个技巧......

重现的准确工作流程

打开新项目，在新文件夹中将其命名为 test
创建一个 r 降价文档
将标题更改为：

---
title: "Untitled"
author: "Me"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y, %H:%M')`"
knit: (function(inputFile, encoding) { 
      rmarkdown::render(inputFile,
                        encoding=encoding, 
                        output_file=file.path(dirname(inputFile), out_dir, 'analysis.html')) })
output:
  html_document:
    number_sections: yes
    toc: yes
---

```{r write quant output files}
out_dir <- 'test'
if(!file.exists(out_dir)) {
  dir.create(out_dir)
}
```

将文档另存为 test.Rmd
单击 knit 按钮（html 现在已从按钮的选项中删除）
这将失败！

关闭项目！
点击保存环境！

打开项目并单击 knit！
一切正常。

执行 rm(list=ls()) 之后一切正常

Answer 1

您可以尝试在您提供给knit 的函数中设置out_dir 变量以进行渲染：

knit: (function(inputFile, encoding) { 
      out_dir <- 'test';
      rmarkdown::render(inputFile,
                        encoding=encoding, 
                        output_file=file.path(dirname(inputFile), out_dir, 'analysis.html')) })