如何从当前运行的 R 脚本的上下文中获取绝对路径？

Question

使用 python，如果我需要当前运行脚本的上下文中的绝对路径，我需要做的就是在该脚本的代码中添加以下内容：

import os
os.path.abspath(__file__)

这非常有用，因为有了绝对路径，我可以使用 os.path.join 为我的项目组件（在项目目录树内）形成新的绝对路径，更有趣的是，无论如何，一切都将继续正常工作包目录被移动到哪里。

我需要使用 R 编程来实现同样的事情，即获取当前正在运行的 R 脚本的绝对路径（= 其文件在磁盘上的绝对路径）。但是尝试在 R 中做同样的事情是相当具有挑战性的，至少对我作为 R 的初学者来说是这样。

经过大量谷歌搜索后，我尝试使用 reticulate 包从 R 调用 Python，但 __file__ 在那里不可用，然后我发现 Stackoverflow 上的一些线程建议使用正在运行的 Stack 和其他建议使用的normalizePath。但是，当整个项目包从一个目录转移到另一个目录时，这些都不适合我。

因此，我想知道例如您是否有以下文件/目录树

base_dir ( = /home/usr1/apps/R/base_dir)
|
|
|___ myscript.R (this is my R script to be run)
|___ data (this is a directory)
|___ sql  (this is a directory)

是否有任何解决方案允许在 myscript.R 的代码中添加一些内容，以便在脚本中程序始终可以知道基本目录是 /home/usr1/apps/R/base_dir，如果稍后将此基本目录移动到另一个目录，那么就会有无需更改代码，程序就能正确找到新的基目录？

Answer 1

R 通常无法找到这条路径，因为在 R 中没有与 Python 的 __file__ 等效的东西。

您能得到的最接近的方法是查看commandArgs() 并费力地提取脚本文件名（这需要根据脚本的启动方式进行不同的处理！）。但是如果脚本在 RStudio 中执行会失败，调用setwd() 后会失败。

其他解决方案（例如“here”包）依赖于启发式方法和特定的项目结构。

但幸运的是，实际上有一个始终有效的解决方案：使用 ‘box’ modules。

使用模块，您将始终能够通过box::file() 获取当前脚本/模块的路径。这是与 Python 的 __file__ 最接近的等效项，您将在 R 中获得它，并且它始终有效 - 只要您使用“盒子”模块 consistently。

('box'包内部需要复杂的逻辑来确定file()函数在所有情况下的值；我不建议复制它，它太复杂了。对于好奇，大部分相关逻辑是在R/loaded.r.)

Answer 2

如果您使用Rscript 运行脚本，则可以使用getwd()。

#!/usr/bin/Rscript
getwd()
# or assign it to a variable
base_dir = getwd()

您可以使用以下方法之一从命令行运行它

./yourscript.R
# or
Rscript yourscript.R

但是请注意，这仅在您从文件夹内运行脚本时才有效，文件就在其中。

cd ~
./script.R
# "/home/usr1"
cd /
/home/usr1/script.R
# "/"

对于更详细的选项，您可以考虑https://stackoverflow.com/a/55322344/3250126