在 RStudio 中打开项目时如何自动加载包答案

【问题标题】：How to load packages automatically when opening a project in RStudio在 RStudio 中打开项目时如何自动加载包
【发布时间】：2012-12-23 16:09:23
【问题描述】：

每次我重新启动 RStudio 时，它都需要我重新加载之前在工作区中加载的所有包。我似乎无法弄清楚问题是什么，RStudio 在关闭项目时正在保存它们。

我如何确保 RStudio 在我打开项目时重新加载必要的包？

【问题讨论】：

您至少需要向我们提供您使用的 RStudio 版本以及与之耦合的 R 版本的基本信息。不过好吧……
@Gsee 这么说，但我会让更多的问题更明确。你的意思是install.packages() 或library() 或require()？
假设它是“库”：我想指出，OP 的工作流程可能不是最佳的。您应该尝试编写一个脚本来执行所有操作，包括所需的库调用。作为测试您是否做对了：尝试重新启动 R（从 R-Studio 很容易），然后运行您的脚本。如果您遇到错误，错误的工作流程。
编辑了这个问题，所以它实际上是有道理的，因为 OP 没有移动但之前处于活动状态。
相关但不完全重复：How to load packages in R automatically?。请在此处查看我的回答，了解 RStudio 的独特之处。

标签： r rstudio

【解决方案1】：

一般而言，RStudio 中的默认包加载与 R (How to load packages in R automatically?) 中没有什么不同。启动时，R 会在您的本地或失败的主目录或安装目录中检查.Rprofile 文件（在 Mac/Linux 上：./.Rprofile 或 ~/.Rprofile）并执行它，因此任何options(defaultPackages...)) 或它包含的其他与包加载相关的命令。

唯一的小区别是 RStudio 在启动前会“帮助”更改您的默认路径 see "RStudio: Working with Projects"，因此您可能会加载不同的或丢失的 .Rprofile 或错误的 .Rprofile，具体取决于您是否'已经打开了 RStudio 项目或只是普通文件，以及您的 RStudio 默认工作目录设置为什么。并不总是清楚你在哪个目录，所以有时这会导致真正的悲伤。

我倾向于在不将我的代码定义为 RStudio 项目的情况下使用 RStudio，这仅仅是因为它过于笨拙，并且无需添加任何东西（无论如何都添加到我的用例中）就可以创建更多文件和目录。所以我发现维护 .Rprofile 并确保加载正确的解决方案是从项目目录到我的可靠的旧 Unix 链接 ~

ln -s ~/.Rprofile ./.Rprofile

（如果你在 Windows 上会更痛苦。）

您不需要拥有一个全局 .Rprofile，您可以为不同类型的项目或树或（例如）.Rprofile.nlp、.Rprofile.financial、.Rprofile.bio 保留特定于任务的文件等等。除了options(default.packages，您还可以收集所有与主题相关的设置：scipen、width、data.table/dplyr-specific options、searchpath...

电源提示：

显然保留您宝贵的 .Rprofile(s) 的备份或 SCM。一定要确保 git 正在跟踪它，所以不要把它放在 .gitignore 中
如果您有多个 .Rprofiles，请在每个文件中添加 cat("Loading .Rprofile.foo") 行，这样您就可以从控制台看到正确的 .Rprofile.xyz 已加载
在每个项目之后，修改、修剪、调整您的 .Rprofile；添加新的用例内容，注释掉不相关的内容，将更改提交到 git

【讨论】：

【解决方案2】：

我假设您想说您必须重新加载之前在工作区中加载的所有包。这不是错误，这是设计使然。

如果您想在项目启动时加载一些包，您可以通过在项目目录中创建一个名为 .Rprofile 的文件来实现，并指定您希望 RStudio 在加载项目时运行的任何代码。

例如：

cat("Welcome to this project.\n")
require(ggplot2)
require(zoo)

会在控制台中打印一条欢迎消息，并在每次打开项目时加载ggplot2 和zoo。

另见http://www.rstudio.com/ide/docs/using/projects

【讨论】：

如果 Joris 的假设是正确的，那么这个问题将与此重复：stackoverflow.com/questions/10300769/…。但是，如果您用谷歌搜索“自动打开软件包 r”，它会出现在该问题之前。
@Largh 不完全是重复的。请注意在谈论 RStudio 中的项目与在启动时在 R 中加载时，您必须保存 .Rprofile 文件的位置的区别。虽然这两种方法背后的机制是相同的，但在这种情况下，保存文件的位置确实很重要。
我的行为略有不同——我必须在 .Rprofile 中同时包含“require”和“library”命令才能自动加载包。我不明白为什么会这样 - 文档表明任何一个都应该足够了，但我仔细检查了，我需要调用两者才能访问这些方法。我正在使用 R 3.0.3 和 RStudio 0.98。包是 seqinr，如果这很重要的话。从控制台工作时，任一命令都有效。很奇怪。
如果您使用的是Windows并想创建.Rprofile，则会出现错误消息。改为创建.Rprofile.（请参阅文件名后面的附加点）。最后一个点将被省略，文件就在那里。（在这里找到：gist.github.com/ozh/4131243）
@Phann 你可以，但你必须设置你的 Windows 允许它。你不能通过普通的资源管理器。但在 R 中，您可以毫无问题地执行 file.create(".Rprofile")。只需确保您的 Windows 设置为显示隐藏文件，否则您将找不到它。