knitr：如何在不使用 setwd() 的情况下在 knit2html 中设置图形路径？答案

【问题标题】：knitr: How to set a figure path in knit2html without using setwd()?knitr：如何在不使用 setwd() 的情况下在 knit2html 中设置图形路径？
【发布时间】：2014-03-02 04:30:58
【问题描述】：

我在一个项目文件夹中工作，假设它的绝对路径是：/project。 getwd()告诉我我在这个项目文件夹中。我所有的文件读写都是相对于这个项目根目录的。 /project 有一个子文件夹/project/docs/，其中有一个 R Mardown 文件和一个 R 脚本：

report.Rmd 包含：

```{r }
plot(cars)
```

而knit_reports.R 包含：

library(knitr)
knit2html("./docs/report.Rmd", "./docs/report.html")

如果我运行knit_reports.R，则会生成一个 html 页面，但页面上不会显示数字。

问题是数字存储在/project/figures 下。它们对于 html 文档生成不可见。我正在寻找一种方法来告诉 knitr 将图片存储在 /project/docs/figures 下。

在report.Rmd 中设置knitr 选项root.dir 或base.dir 并不能解决问题，我尝试了opts_knit$set(root.dir = "./docs") 或opts_knit$set(base.dir = "/project/docs")。

但是，如果我将工作目录更改为 /project/docs:

setwd("./docs/")
knit2html("report.Rmd", "report.html")

创建了一个/project/docs/figure 文件夹，并且数字出现在 html 页面上。

许多人说在脚本中使用 setwd() 很糟糕，因为它会破坏可重复性。如何在不使用 setwd() 的情况下告诉 knitr 将图形放置在我的项目子文件夹中？

【问题讨论】：

澄清一下：setwd() 只有在计算开始后才坏。它本质上不是邪恶的。相反，setwd() 在一切之前总是一个好的想法。之后，您假设所有内容都与当前工作目录相关，这将使您的生活更轻松。设置knit() 或knit2html() 的output 参数几乎总是一个坏主意。好吧，我承认这是我作为包作者的头痛。我鼓励你只用setwd("./docs/"); knit2html("report.Rmd")，你会得到report.html。
感谢亿辉的评论。我发现使用opts_knit$set(base.dir = 'docs') 可以解决我的问题。起初我尝试在 Rmd 文档的块选项中设置base.dir。这没有用。但是在 R 脚本 knit_reports.R 中设置 base.dir 选项确实有效并解决了我的问题:-)

标签： r knitr r-markdown

【解决方案1】：

看看这个page on chunk options。特别是，您有两种选择

使用fig.path 设置相对于您的工作目录的绘图目录 (OR)
使用base.dir 设置保存绘图的绝对目录。

我认为 (2) 在您的情况下可能是更好的解决方案。不要在 knitr 文档中使用 setwd()，因为这不是保持文档可重复性的好习惯。

【讨论】：

感谢您的回答，我尝试了这些选项，但它们不适用于我的情况。我在上面给出了一个最小的可重现示例。

【解决方案2】：

Ramnath 对 set base.dir 的回答是一个很好的答案。但起初我认为该选项应该设置在 Rmd 块中，但这不起作用。该选项应在 R 脚本中设置。我猜这是范围的问题。

所以在我上面的例子中 knit_reports.R 应该包含：

library(knitr)
opts_knit$set(base.dir = 'docs') # Change the base dir where to save figures
knit2html("./docs/report.Rmd", "./docs/report.html")

【讨论】：

我认为在 Rmd 文档中移动 opts_knit$set(...) 并将其放在第一个代码块中也应该可以。无论如何，@yihui 的评论在与 Rmd 文件相同的目录下运行knitr 是非常有用的。
在 Rmd 文档中的第一个代码块中设置 opts_knit$set(...) 对我不起作用。告诉我，如果您设法在系统上尝试使用上述 2 个文件会发生什么。
由于某种原因，当我生成文件时，.tex 文档没有使用正确的目录。他们都只是figure/image_filename，而不是base.dir/figure/image_filename。

【解决方案3】：

我想补充一点，如果您在 knit2html 中指定不同的输出目录，您可能会遇到问题，因为图形文件夹会保存到原始目录中。然后，至少根据我的经验，html 文件不会包含您的绘图。所以：如其他地方所述。尽量不要改变输出目录

【讨论】：