RStudio中的R knitr：无法设置根目录结构的选项答案

【问题标题】：R knitr in RStudio: cannot set option for root directory structureRStudio中的R knitr：无法设置根目录结构的选项
【发布时间】：2016-12-29 23:45:09
【问题描述】：

在处理简单文件时，使用 RStudio 中的 Knit 按钮非常适合我，自动生成 Rmd 文件，然后生成 PDF。现在我正在做一个更大的项目，我已经将目录拆分为

MainProjectDir/

MainProjectDir/代码/

MainProjectDir/DataRaw/

MainProjectDir/DataWork/

getwd() 给了我 MainProjectDir 路径。 Code 目录中的 .r 文件相互调用，并使用 MainProjectDir 路径中的相对路径从/向 Data 目录加载和保存数据。

现在，当对代码目录中的 .r 文件使用 Knit 按钮时，出现连接错误：

文件错误（文件名，“r”，编码=编码）：无法打开连接

在这里阅读了一些回复并查看了 Yihui 的页面后，我尝试在 knitr 包中设置 root.dir 选项

knitr::opts_knit$set(root.dir="..")

在控制台中按下 RStudio 中的 Knit 按钮之前。我仍然得到同样的错误。还尝试了路径的绝对路径版本。我做错了什么？

【问题讨论】：

你试过使用rmarkdown::render函数吗？
我正在使用 File/Knit 菜单命令，让 RStudio 调用 pandoc/knitr。在简单的目录结构上效果很好，这就是为什么我试图找到一种正确描述相对路径的方法。您建议的流程是什么？
您在另一个脚本中使用了函数 rmarkdown::render。它可以更好地控制您的环境。最好在之前用rm(list = ls()) 清理你的全球环境，很难。
在我走上这条路之前，为什么 knitr::opts_knit$set(root.dir="..") 不起作用？
你知道你可以在你的脚本中放入 print(getwd()) 来知道脚本在哪里执行？

标签： r

【解决方案1】：

在 github 讨论线程上找到了该问题的解决方法，添加到 R 代码中并有效：

if (basename(getwd())=="Code") setwd(normalizePath(".."))

为寻求快速解决方案的任何人发布此内容，但如果有人可以解释问题所在

knitr::opts_knit$set(root.dir="..")

以及如何解决它，请发布，我会接受他的回答。

【讨论】：

【解决方案2】：

不确定这是否能解决您的所有问题，但您看过 Dean Attali 的 ezknitr 软件包吗？它为您提供了更多使用目录的灵活性。

【讨论】：

现在看了一下，根据文档，这个包确实应该允许我使用的目录结构。不过，现在我想保持使用 RStudio 编织按钮和原始 R 文件而不是 Rmd 的便利性，以便找到丑陋的解决方法。请参阅我在上面对 Gregor 的建议所写的评论。如果我能删除 setwd()...

【解决方案3】：

在 R 项目中使用嵌套文件结构时，请务必注意以下事项（如上面的 cmets 中所述）

在 RStudio 中打开项目时，默认工作目录设置为包含 .Rproj 文件的文件夹（即 MainProjectDir/）。
在编织过程中，Rstudio 打开一个全新的 R 会话，默认工作目录设置为包含 .Rmd 文件的文件夹（即 MainProjectDir/Code/）。
可以使用knitr::opts_knit$set(root.dir="..")更改默认工作目录，但更改直到以下代码块才生效。所以在下一个代码块之前不要加载数据。
在编织过程中，您可以使用命令knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file()) 将工作目录设置回包含.Rproj 文件的文件夹。

所以至少使用以下内容：

---
title: "Title"
author: 'Author'
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

First chunk

```{r setup, include=TRUE}

print(getwd())
knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())
print(getwd())

```

Second chunk

```{r load data}

print(getwd())

read.csv(file = "DataRaw/exampledata.csv")

```

另请参阅Setting work directory in knitr using opts_chunk$set(root.dir = ...) doesn't work、Automatically finding the path of current R project in R Studio 和 https://support.rstudio.com/hc/en-us/community/posts/220826588-Working-directory-in-R-Notebooks。

【讨论】：