有没有办法使用 RStudio 直接从你的工作区中编织降价？答案

【问题标题】：Is there a way to knitr markdown straight out of your workspace using RStudio?有没有办法使用 RStudio 直接从你的工作区中编织降价？
【发布时间】：2012-06-24 16:37:16
【问题描述】：

我想知道我是否可以使用knitr markdown 来即时创建一个包含来自我当前工作区的对象的报告。重现性不是这里的问题。我也读了这个很好thread here。

但我仍然收到一条错误消息，抱怨找不到特定对象。

1) 假设我打开一个新的降价文档并保存它。

2) 在我的工作区中编写一个引用某个 lm 对象的块。拨打summary(mylmobject)

3) 编织它。

很遗憾，报告已生成，但由于找不到对象，因此无法显示回归输出。请注意，如果我只是将对象保存到 .Rdata 然后直接从降价文件加载它，它通常可以工作。

有没有办法在 R Markdown 中使用当前工作区中的对象？在工作的同时向非 R 人员展示一些输出，这将是非常好的。

【问题讨论】：

对我来说清除缓存解决了这个问题（我之前对某些块使用了 cache = T）

标签： r knitr rstudio

【解决方案1】：

RStudio 会为knit() 您的 R Markdown 文件打开一个新 R 会话，因此您当前工作空间中的对象将无法用于该会话（它们是两个单独的会话）。两种解决方案：

向 RStudio 提交feature request，要求他们在当前 R 会话中支持编织，而不是强制启动新会话；
自己手动编织：library(knitr); knit('your_file.Rmd')（或knit2html()，如果您想一次性输出 HTML，或者rmarkdown::render()，如果您使用的是R Markdown v2）

【讨论】：

我觉得选项 1 与可重复研究的范式背道而驰。
@BrandonBertelsen 你是对的，这正是 RStudio 每次打开一个新的 R 会话的原因；相比之下，Emacs/ESS 在当前 R 会话中调用 Sweave/knitr。不过，使用现有的 R 会话有以下优点： 1. 可以更快； 2.帮助我们调试代码（例如检查源文档生成的对象）
想知道 Rstudio 或 Knitr 自 2012 年发布以来是否有任何变化？
@ThomasSpeidel 抱歉，这方面没有。
感谢您的回答。实际上，在最新版本的 RStudio/Rmarkdown 中，我无法按照您的答案运行它，但根据您的提示，我很快找到了解决方案：library(markdown); render('your_file.Rmd')（如果您想更新）。谢谢。

【解决方案2】：

使用以下方法保存其他会话中的数据可能更容易：

save.image("C:/Users/Desktop/example_candelete.RData")

然后将其加载到您的 MD 文件中：

load("C:/Users/Desktop/example_candelete.RData")

【讨论】：

其实我现在就是这么做的。
问题是我有一个非常大的会话，需要几分钟才能加载。我知道 Rstudio 的可重复性从何而来，但如果我们想使用 Markdown 制作包含大量数据的可呈现报告，我们需要手动编织。
您可以选择使用 save(mylmobject) 而不是 save.image() 保存的内容

【解决方案3】：

Markdownreports package 专为动态解析 Markdown 文档而设计。

【讨论】：

【解决方案4】：

正如 Julien Colomb 评论的那样，我发现在这种情况下最好的办法是保存大对象，然后在我定制降价时显式加载它们。如果您的数据来自 ODBC，并且您不想在修改字体和主题时重复运行整个查询，那么这是必须的。

【讨论】：