在命令行上运行 r 代码时出现包错误

Question

我运行的一些代码包括这部分：

if (!require("yaml")) {
  install.packages("yaml") 
  library("yaml")
}

当我在 rstudio 中运行时，一切都无缝运行，没有错误。但是，当我尝试在命令行上运行我的代码时，我得到了这个错误：

$ Rscript.exe file.R
Loading required package: yaml
Installing package(s) into ‘/usr/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in contrib.url(repos, type) :
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: install.packages -> grep -> contrib.url
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘yaml’
Execution halted

Answer 1

当您从 RStudio 中调用 install.packages 时，RStudio 会设置默认存储库。当您通过命令行运行脚本时，您必须告诉 R 要使用哪个存储库（或设置全局默认存储库）。

您可以通过告诉 R 使用您最喜欢的存储库来轻松解决此问题。

例如，如果您想使用 RStudio 的包存储库，请在 install.packages 调用中设置 repos="http://cran.rstudio.com/"。

if (!require("yaml")) {
  install.packages("yaml", repos="http://cran.rstudio.com/") 
  library("yaml")
}

这应该可行！