rstudio 命令行 R 的不同库路径（`$R_LIBS_USER`）答案

【问题标题】：rstudio different library path to command-line R (`$R_LIBS_USER`)rstudio 命令行 R 的不同库路径（`$R_LIBS_USER`）
【发布时间】：2013-04-09 13:53:49
【问题描述】：

我正在尝试找出为什么我的.libPath 在命令行 R 和 RStudio Desktop 之间有所不同（注意：这是不是 @987654321 的副本@ 因为该修复涉及我没有的特定于 RStudio Server 的东西）。

当我在命令行 (linux) 上使用 R 时：

> .libPaths()
[1] "/home/mathematicalcoffee/R/library"  "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"             "/usr/lib/R/library"

当我使用 RStudio 桌面（linux，同一台机器）时：

[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"       "/usr/lib/R/library"            "/usr/lib/rstudio/R/library"

现在我已在我的 bash 配置文件中将 $R_LIBS_USER 设置为 ~/R/library，因此 R 命令行将其作为我首选的 libPath。

当我这样做时，问题出在 RStudio Desktop 中：

Sys.getenv('R_LIBS_USER')
# "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15"

那么，为什么 RStudio Desktop 更改了我的 R_LIBS_USER？我怎样才能把它改回来？（我不使用 .Rprofile 文件）。（在我上面链接的问题中，RStudio Server 的解决方案是修改 /etc/rstudio/rsession.conf，但我没有，因为我有 RStudio Desktop。另外，我相信 RStudio 应该尊重我的 R_LIBS_USER 环境变量。）

【问题讨论】：

尝试在您的$R_HOME/etc/Renviron 文件中设置R_LIBS_USER。
感谢@flodel，这很有效。猜猜 RStudio 没有阅读我的 .bashrc
@DWin 好的。我正要删除问题以在 rstudio 支持处重新提出，但现在它不会让我，因为它有答案。很高兴它被关闭
@mathematical.coffee 它会跳过阅读 .bashrc 但会尊重 .profile 中的内容，如果这对您有帮助的话。

标签： r rstudio

【解决方案1】：

你写：

现在我已在我的 bash 配置文件中将 $R_LIBS_USER 设置为 ~/R/library，

您是否偶然从 gui 图标调用 RStudio，即没有调用您的 ~/.bash_profile ？也许您可以尝试调用包装器来设置它？

对于它的价值，.libPaths() 在 RStudio 桌面和服务器下返回相同的东西（尽管服务器附加了它的内部目录），R 在命令行上并通过 ESS 为我返回。

编辑：一般来说，请阅读help(Startup)，这将是值得花时间的。 @flodel 的评论非常恰当。如果您在系统级别始终无法处理这个问题，您可以随时转向 R，无论是在其系统级别（通过 Renviron 和 Renviron.site）还是通过 ~/R/ 目录。

【讨论】：

【解决方案2】：

只是在这里记录一下以防有人觉得它有用，根据ArchWiki我们可以在~/.Renviron中定义R_LIBS_USER，我觉得这是为R定义特定变量的更方便的方法。

【讨论】：