为什么 rJava 不能在使用 OpenJDK 7 的 Ubuntu 14.04 上运行？答案

【问题标题】：Why does rJava not work on Ubuntu 14.04 using OpenJDK 7?为什么 rJava 不能在使用 OpenJDK 7 的 Ubuntu 14.04 上运行？
【发布时间】：2014-06-21 13:16:59
【问题描述】：

您好，我在使用 cran 的 rJava 包时遇到问题。

我已经安装了

sudo apt-get install openjdk-7-jdk
sudo apt-get install r-cran-rjava

跑了

sudo R CMD javareconf
# Java interpreter : /usr/bin/java
# Java version     : 1.7.0_55
# Java home path   : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre
# Java compiler    : /usr/bin/javac
# Java headers gen.: /usr/bin/javah
# Java archive tool: /usr/bin/jar

然后我尝试运行 R 并加载 rJava 并得到以下错误：

R
> library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

我在 Ubuntu 14.04 64 位上使用 R 版本 3.1.0 (2014-04-10) -- “Spring Dance”

更新：实际上这不是特定于 OpenJDK，我只是尝试了 oracle java 8 并得到了相同的结果。我还发现了这个解决方法here，我不愿意使用它，因为它确实是一种解决方法，并没有真正解释为什么它是必要的。在我看来，包装系统应该已经处理了这个问题。似乎 libjvm.so 是问题所在，我把它放在这里

/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/jamvm/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
/usr/lib/jvm/java-7-oracle/jre/lib/amd64/server/libjvm.so

尽管使用 sudo R CMD javareconf 进行了更新，但由于某种原因 rJava 无法找到它们。

更新 2：情节变厚：如果我将 R 作为 sudo 运行，它可以工作。

感谢指点。

【问题讨论】：

也可以在这里找到答案 - stackoverflow.com/a/25932828/3939832

标签： java r openjdk rjava ubuntu-14.04

【解决方案1】：

在 Ubuntu 上安装 rJava 包并不像大多数其他 R 包那么简单。关于如何做的一些快速说明（来源：https://www.r-bloggers.com/installing-rjava-on-ubuntu/）。

Install the Java Runtime Environment (JRE).

sudo apt-get install -y default-jre

Install the Java Development Kit (JDK).

sudo apt-get install -y default-jdk

Update where R expects to find various Java files.

sudo R CMD javareconf

Install the package.

> install.packages("rJava")

If you have a RStudio session open, then exit and restart it. This is important (a running RStudio session will not pick up these changes!).

【讨论】：

【解决方案2】：

我尝试了很多东西，但没有奏效。然后我尝试使用

sudo rstudio

然后

install.packages('rJava')

它的工作。很酷

【讨论】：

这对我有用，但在安装 rJava 之前，我必须在终端中执行“sudo R CMD javareconf”。

【解决方案3】：

你可以通过在超级用户中打开rstudio来解决这个问题

sudo rstudio

然后在 R 中运行

install.packages('rJava')

【讨论】：

更简单的解决方案，它也对我有用。只有那个“type...”不是终端命令，所以应该采用不同的格式。谢谢。
如果您使用 RStudio Server，则命令 sudo rstudio 不适用

【解决方案4】：

如果您使用的是 oracle java，请使用以下命令：

sudo R CMD javareconf

不会帮助使用：

sudo R CMD javareconf **JAVA_HOME**=(path where java home is located)

【讨论】：

【解决方案5】：

我在使用类似配置（R 3.1.0、Ubuntu 12.10、32 位）时遇到了同样的问题。我发现答案是正确设置 LD_LIBRARY_PATH，如下所述： error: unable to load installed packages just now 除了有问题的子目录是“客户端”而不是“服务器”。所以现在我正在这样设置我的环境：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386
export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/i386:$JAVA_HOME/jre/lib/i386/client

【讨论】：

这确实解决了我一直遇到的问题。剩下的唯一问题是为什么 LD_LIBRARY_PATH 没有自动设置？但无论如何，就像我说的那样，这为我解决了问题。谢谢。
在 ubuntu 服务器 14.04 export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server 上为我工作

【解决方案6】：

我能够使用这个答案永久解决这个问题：https://stackoverflow.com/a/25932828/3939832

如果您安装了 Oracle java 7 或 8，这将非常有用。在我的情况下，导出变量并不是一个永久的解决方案。您应该通过以下方式检查 R 使用的环境：

Sys.getenv("JAVA_HOME")

然后您可以通过创建java.conf 文件on /etc/ld.so.conf.d/ 来使用该环境，如上述答案链接中所述。

【讨论】：