安装 R 包的问题答案

【问题标题】：Problems with installation R packages安装 R 包的问题
【发布时间】：2017-12-20 07:44:40
【问题描述】：

我是 Windows 用户。几周前，我安装了 R 和 Rstudio 以及许多软件包。今天有消息说没有安装新的包。

Warning: unable to access index for repository http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib:
  cannot open URL 'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES'

我重新安装了 R，但这并没有解决问题。

install.packages 中的警告：

  InternetOpenUrl failed: 'Can not connect to server'

【问题讨论】：

对于那些想要结束这个问题的人：这是一个与 RStudio 相关的真正问题（如我的回答中所述），它经常弹出，并且可以通过编程方式解决。因此，我认为这是一个有效的 SO 问题。
尝试发出命令ping www.stats.ox.ac.uk。我收到“请求超时”。
@user2314737 关键是 RStudio 不应该首先尝试访问该站点。 ping 它只会告诉你 R 告诉你什么：无法访问网站。
这实际上在过去发生过几次。有人知道为什么stats.ox.ac.uk 宕机了吗？

标签： r rstudio r-package

【解决方案1】：

我遇到了类似的问题，对我有用的修复是，在 RStudio 中我打开了工具 -> 全局选项 -> 包 -> 主 CRAN 存储库 -> 设置全局。

还要确保您没有使用 installed.packages 由于 RStudio 输入建议，很多人都会遇到这种情况。您需要使用 install.packages("")

【讨论】：

【解决方案2】：

这是在 R 和 RStudio 中偶尔出现的东西。 ~~RStudio 更改了很多设置，"repos" 选项就是其中之一。在 Windows 上，添加了以下内容~~

编辑：不是 RStudio 添加这个额外的存储库。该存储库由 Brian Ripley 博士提供，用于由于某种原因无法在 CRAN 上提供的软件包（许可证，不是开箱即用，需要额外的软件，......）。这在设置中称为“CRANextra”：

> getOption("repos")
                                CRAN                            CRANextra 
         "https://cran.rstudio.com/" "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin" 
attr(,"RStudio")
[1] TRUE

所以 RStudio 在 Windows 上运行时会尝试访问特定的存储库，但该存储库过去曾出现过一些连接问题；它并不总是可以访问的，如果不是，则会发出您报告的警告。

您可以通过重置此选项来停止此警告：

options(repos = "https://cran.rstudio.com") # or a repo of your choice.

这允许您在没有警告的情况下安装软件包：

> install.packages("fortunes")
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.4/fortunes_1.5-4.zip'
Content type 'application/zip' length 202721 bytes (197 KB)
downloaded 197 KB

package ‘fortunes’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\Joris\AppData\Local\Temp\Rtmpu0febg\downloaded_packages

即使显示此警告，仍会从 rstudio CRAN 镜像安装软件包。警告是reported as a bug，RStudio 已承诺尽快解决。

编辑：R FAQ (last paragraph) 中有关 CRANextra 存储库的更多信息：

一些 CRAN 包不是在 Windows 上开箱即用的，需要额外的软件，或正在运送第三方库 Windows 不能以 Windows 二进制文件的形式在 CRAN 上可用包。不过，其中一些软件包可在 “CRAN extras”存储库https://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/ 由 Brian D. Ripley 友情提供。请注意，此存储库是最新版本的 R for Windows 的默认存储库。

【讨论】：

Uau 伙计，我爱你，我在互联网上尽我所能，但没有任何效果。它非常快速有效的方法，一切正常！非常感谢！
@AntonCH 不客气。请记住，尽管每次重新启动 R 时都必须重新设置该选项，直到 RStudio 的人员在他们的下一个版本中解决了这个问题。
这是一个错误！我一直认为我的设置有问题，因为它总是给我警告但从 CRAN 下载。
@ShubhradeepMajumdar 这是一个错误，错误是设置有问题；-) 因为还设置了标准 RStudio CRAN 镜像，所以安装确实从普通 CRAN 镜像进行。这是导致问题的 CRANExtra，我一直不明白他们为什么首先添加它。
@ShubhradeepMajumdar 我必须纠正自己：这不是 RStudio，而是 R 本身实际上添加了额外的 CRAN 存储库。我现在也明白为什么要添加它了，请参阅这个问题：stackoverflow.com/questions/20048528/…

【解决方案3】：

同时，在 R Studio 修复错误的同时，无需在每次启动 R 会话时指定 CRAN 存储库的临时解决方案是编辑您的“Rprofile.site”文件并添加此行

options(repos = getOption("repos")["CRAN"])

这样每次启动 R 会话时，都会自动删除 CRANextra 存储库（“http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin”）。请记住在问题解决后删除或用#注释此行。

【讨论】：

嗨@Andres，可以帮助我完成这个相关的帖子吗？它与当前的帖子有关。 stackoverflow.com/questions/60785166/…
当我执行getOption("repos")时，我得到了两个repos..一个是CRAN，另一个是OHDSI。