R Docker：无法通过套接字连接到本地 MySQL 服务器

Question

我使用 golem 管道来打包和 dockerize 我的应用程序。

对于初学者，我正在尝试使用 docker 在 windows pc 上本地部署应用程序（也尝试在 linux 上运行它，但遇到了同样的问题）。该应用程序从本地 SQlite 数据库中收集数据，该数据库也在我的电脑上运行（一旦部署在服务器上就会类似）。

当我将应用程序作为一个包运行时，应用程序功能正常。 但是一旦我创建了一个 docker 映像并运行它，应用程序启动但无法连接到我的本地 sql 数据库，返回此错误： 无法通过套接字'/var/run/mysqld/mysqld.sock'连接到本地MySQL服务器（2“没有这样的文件或目录”）

与应用程序内部数据库的连接如下所示：

    con =  dbConnect(RMariaDB::MariaDB(), dbname = "training_dash_db", user = "root", password = "", host = '127.0.0.1')

我的 docker 文件如下所示：

FROM rocker/tidyverse:3.5.3
RUN R -e 'install.packages("remotes")'
RUN R -e 'remotes::install_github("r-lib/remotes", ref = "97bbf81")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("shiny")'
RUN R -e 'remotes::install_github("Thinkr-open/golem")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("processx")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("attempt")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("DT")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("glue")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("htmltools")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("shinydashboard")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("shinydashboardPlus")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("lubridate")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("dplyr")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("purrr")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("plotly")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("DBI")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("tibbletime")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("tsibble")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("shinyWidgets")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("leaflet")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("pool")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("RMariaDB")'
RUN R -e 'remotes::install_cran("roxygen2")'
COPY K2dashboard_*.tar.gz /app.tar.gz
RUN R -e 'remotes::install_local("/app.tar.gz")'
EXPOSE 80
EXPOSE 3306
CMD R -e "options('shiny.port'=80,shiny.host='0.0.0.0');K2dashboard::run_app()"

谢谢。

Answer 1

以下是我可以看到的问题：

• 您正在使用 127.0.0.1 作为数据库的主机。一旦进入容器，此地址指的是容器的内部 IP，而不是来自您的主机/另一个容器的地址。因此您的应用无法访问主机数据库。

• 您尚未在容器中安装 MariaDB 驱动程序

以下是解决方案：

• 您可以使用r-db docker 镜像作为源：http://colinfay.me/r-db/，其中包含 MariaDB 的驱动程序：http://colinfay.me/r-db/mariadb-rmariadb.html

• 取决于您的 MYSQL 是否在 docker 中，但您可以创建一个 Docker 网络，并将您的 mysql 容器和 golem 容器插入该网络。然后使用host = "my-network"。有关这方面的信息，请参阅 r-db 文档：http://colinfay.me/r-db/intro.html#creating-docker-network 和 http://colinfay.me/r-db/mariadb-rmariadb.html 用于 mariadb 部分

• 您想从容器内部访问计算机上的数据库：有关此信息，请参阅How to access host port from docker container。