如何在 Docker 容器中运行 R Shiny App

Question

我为 R Shiny App 构建了一个 Docker 映像，并在 Windows 10 Home 上使用 Docker Toolbox 运行了相应的容器。尝试使用我的网络浏览器打开应用程序时，仅显示索引。我不知道为什么应用程序没有执行。

日志告诉我：

*** warning - no files are being watched ***
[2019-08-12T15:34:42.688] [INFO] shiny-server - Shiny Server v1.5.12.1 (Node.js v10.15.3)
[2019-08-12T15:34:42.704] [INFO] shiny-server - Using config file "/etc/shiny-server/shiny-server.conf"
[2019-08-12T15:34:43.100] [INFO] shiny-server - Starting listener on http://[::]:3838

我已经通过执行以下引用 docker hub 映像的命令指定了应用程序主机到容器的路径：

docker run --rm -p 3838:3838 -v /C/Docker/App/:/srv/shinyserver/ -v /C/Docker/shinylog:/var/log/shiny-server/  didsh123/ps_app:heatmap

我的 Docker 文件如下所示：

# get shiny serves plus tidyverse packages image
FROM rocker/shiny-verse:latest

# system libraries of general use
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libcairo2-dev \
    libxt-dev \
    libssl-dev \
    libssh2-1-dev

##Install R packages that are required--> were already succesfull
RUN R -e "install.packages(c('shinydashboard','shiny', 'plotly', 'dplyr', 'magrittr'))"

#Heatmap related packages
RUN R -e "install.packages('gpclib', type='source')"
RUN R -e "install.packages('rgeos', type='source')"
RUN R -e "install.packages('rgdal', type='source')"

# copy app to image
COPY ./App /srv/shiny-server/App

# add .conf file to image/container to preserve log file
COPY ./shiny-server.conf  /etc/shiny-server/shiny-server.conf


##When run image and create a container, this container will listen on port 3838
EXPOSE 3838

###Avoiding running as root --> run container as user instead
# allow permission
RUN sudo chown -R shiny:shiny /srv/shiny-server
# execute in the following as user --> imortant to give permission before that step
USER shiny

##run app
CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

因此，当我在浏览器中处理 docker ip 和评估端口时，应用程序应该在那里运行，但只显示索引。我使用以下行：

http://192.168.99.100:3838/App/

我很高兴收到每一个提示或建议。我是 Docker 新手，所以我也很高兴得到详细的解释。

Answer 1

要在 docker 中使用 shiny，我建议您使用 golem 包。 golem 提供了一个构建闪亮应用程序的框架。如果您有一个根据他们的框架开发的应用程序，可以使用函数golem::add_dockerfile() 自动创建dockerfiles。

如果您对框架不感兴趣，您仍然可以查看the source for add_dockerfile() 以了解他们如何管理部署。他们的策略是使用带有端口参数的shiny::runApp()。因此，在这种情况下，shiny-server 不是必需的。

golem中的Dockerfile大概是这样的

FROM rocker/tidyverse:3.6.1
RUN R -e 'install.packages("shiny")'
COPY app.R /app.R
EXPOSE 3838
CMD R -e 'shiny::runApp("app.R", port = 3838, host = "0.0.0.0")'

这将使应用程序在端口 3838 上可用。当然，您必须安装任何其他 R 包和系统依赖项。

其他提示

• 为了提高重现性，我建议您使用remotes::install_version() 而不是install.packages()。
• 如果您要部署多个具有类似依赖关系的应用程序（例如shinydashboard），编写您自己的基础镜像来代替rocker/tidyverse:3.6.1 是有意义的。这样，您的构建会更快。

Answer 2

查看日志是否有任何有用的信息？并执行到容器中，验证App内容是否复制到正确的位置。

因为 /App 内容的复制方式看起来不正确

/App 的内容在构建阶段被复制到映像中到 /srv/shiny-server/App，并且您在运行容器时尝试使用 -v 选项覆盖 /srv/shiny-server 内容。

看起来在运行时复制的应用数据被覆盖了。

尝试不使用-v /C/Docker/App/:/srv/shinyserver/ 或使用-v /C/Docker/App/:/srv/shinyserver/App/

docker run --rm -p 3838:3838 -v /C/Docker/shinylog:/var/log/shiny-server/ didsh123/ps_app:heatmap