R闪亮的服务器+传单内存泄漏答案

【问题标题】：R shiny server + leaflet Memory leakR闪亮的服务器+传单内存泄漏
【发布时间】：2018-08-02 06:59:24
【问题描述】：

背景

我必须为一个项目创建一个基于原型地图的仪表板。我决定使用 R shiny，因为它对我的数据有最好的数据管理，而且易于使用。我将 Leaflet 与 Rshiny 结合使用。创建地图后，它会以一定的时间间隔更新并使用新数据重新创建地图（实时批批）。数据会很多，但仍然可以在传单应用程序上进行管理。

代码：

library(shinydashboard)
library(leaflet)

ui <- fluidPage(
  dashboardBody(
    box(width = NULL, solidHeader = TRUE,
                 leafletOutput("busmap", height = 900)
    )
  )
)

server <- function(input, output) {

liveish_data <- reactive({
    invalidateLater(6000)
    lat <- runif(3000, min=51, max=53.5)
    lon <- runif(3000, min=4, max=8)
    DF_Actueel <- data.frame(lat,lon)
    print("refreshed")
    DF_Actueel
  })

  output$busmap = renderLeaflet({
    DF_Actueel <- liveish_data()
    map <- leaflet(options=list())%>%
      addProviderTiles(providers$OpenStreetMap.HOT) %>%
      addMarkers(data = DF_Actueel)

    map
  })
}

shinyApp(ui, server)

问题

我在运行应用程序时检查了我的任务管理器。我的问题是，当这个应用程序运行时，RStudio 使用了一些内存（我的电脑上大约 350MB），并且每次更新时，Rshiny 的内存使用量都会增加 20MB。

> object.size(map)
148000 byte

这意味着几分钟后，Rstudio 内存不足。我给了它更多的内存......但这只是意味着它稍后会用完。

自己的研究

我看过类似的问题：

Shiny R reactivevalues memory leak -- 未答复

https://github.com/rstudio/shiny/issues/1551 -- 使用了Observe() 函数

https://github.com/rstudio/shiny/issues/1591 -- 我使用了options(shiny.reactlog=TRUE) 并检查了输出。我只有一个地图对象

https://github.com/rstudio/shiny/issues/1151 -- 用 Plotly 代替小册子，虽然已经关闭，但没有解决。

还有更多关于相同主题和相同未回答的问题。

规格

Windows 10
24GB RAM
64-bit operating system
Intel(R) Core i7-6700HQ CPU @ 2.6GHz
R version 3.4.3 (2017-11-30)
leaflet 1.1.0
shinydashboard 0.6.1

我希望有人可以提供帮助。谢谢你:)

【问题讨论】：

尝试（不成功）修复它。我的思路是基于注意到每次调用 renderleaflet 时，它都是一个新环境。因此 map 不能被覆盖，因为 R 将其视为在另一个环境中定义的另一个变量。可悲的是，从原始环境中手动删除（使用 rm()）变量并没有改变任何东西：该变量必须在闪亮的胆量深处的其他地方持久存在。我建议将其发布在 github - 闪亮的问题。

标签： r memory-leaks shiny leaflet rstudio

【解决方案1】：

我将 addMarkers 移动到一个 LeafletProxy，这样地图就不会在 6 秒内重新渲染并加载到内存中。而且我认为如果您在添加新标记之前使用 clearMarkers()，内存应该或多或少保持稳定。

代码如下：

library(shinydashboard)
library(leaflet)

ui <- fluidPage(
  dashboardBody(
    box(width = NULL, solidHeader = TRUE,
        leafletOutput("busmap", height = 900)
    )
  )
)

server <- function(input, output) {

  liveish_data <- reactive({
    invalidateLater(6000)
    lat <- runif(3000, min=51, max=53.5)
    lon <- runif(3000, min=4, max=8)
    DF_Actueel <- data.frame(lat,lon)
    print("refreshed")
    DF_Actueel
  })

  output$busmap = renderLeaflet({
    map <- leaflet(options=list())%>%
      addProviderTiles(providers$OpenStreetMap.HOT)
    map
  })

  observe({
    DF_Actueel <- liveish_data()
    leafletProxy("busmap", deferUntilFlush=T) %>% 
      clearMarkers() %>% 
      addMarkers(data = DF_Actueel)
  })
}

shinyApp(ui, server)

【讨论】：