R：对由 caret 包构建的逻辑模型执行 car::Anova 类型 II 和 III 测试答案

【问题标题】：R: perform car::Anova type II and III test on logistic model built by caret packageR：对由 caret 包构建的逻辑模型执行 car::Anova 类型 II 和 III 测试
【发布时间】：2020-04-11 17:26:41
【问题描述】：

我正在建立一个广义逻辑回归模型，如下所示：

library(mlbench)
data(PimaIndiansDiabetes)

library(caret)
trControl <- trainControl(method = "repeatedcv",
                          repeats = 3,
                          classProbs = TRUE,
                          number = 10, 
                          savePredictions = TRUE,
                          summaryFunction = twoClassSummary)

caret_model <- train(diabetes~., 
                     data=PimaIndiansDiabetes, 
                     method="glm", 
                     trControl=trControl)

然后我想执行Anova类型II和III测试：

library(car)
car::Anova(caret_model , type=2)

我收到以下错误：

UseMethod("vcov") 中的错误：没有适用于 'vcov' 的方法应用于“c('train', 'train.formula') 类的对象

但是，如果我使用函数glm 来构建模型，那就没问题了：

glm_fit <- glm(diabetes~., data=PimaIndiansDiabetes, family=binomial)
car::Anova(glm_fit, type=2)

那么，如何在我的caret 模型上执行Anova 类型 II 和 III 测试？

【问题讨论】：

标签： r logistic-regression r-caret anova

【解决方案1】：

“train”类没有方法 anova，所以做你需要的：

car::Anova(caret_model$finalModel, type=2)
Analysis of Deviance Table (Type II tests)

Response: .outcome
         LR Chisq Df Pr(>Chisq)    
pregnant   15.233  1  9.505e-05 ***
glucose   114.927  1  < 2.2e-16 ***
pressure    6.548  1   0.010502 *  
triceps     0.008  1   0.928500    
insulin     1.742  1   0.186918    
mass       40.779  1  1.704e-10 ***
pedigree   10.340  1   0.001302 ** 
age         2.522  1   0.112253

类似于：

car::Anova(glm_fit, type=2)
Analysis of Deviance Table (Type II tests)

Response: diabetes
         LR Chisq Df Pr(>Chisq)    
pregnant   15.233  1  9.505e-05 ***
glucose   114.927  1  < 2.2e-16 ***
pressure    6.548  1   0.010502 *  
triceps     0.008  1   0.928500    
insulin     1.742  1   0.186918    
mass       40.779  1  1.704e-10 ***
pedigree   10.340  1   0.001302 ** 
age         2.522  1   0.112253

【讨论】：