如何使用 tidyverse 工具将矩阵读入 R？答案

【问题标题】：How to read a matrix into R using tidyverse tools?如何使用 tidyverse 工具将矩阵读入 R？
【发布时间】：2021-02-11 21:38:07
【问题描述】：

你能帮帮我吗？

我经常需要将 发病矩阵 (AxB) 读入格式化为 TXT 文件的R。它们看起来像这样：

matrix <- matrix(round(runif(50, 0, 100),0), 5, 10)

我通常的解决方案涉及base的read.delim和as.matrix：

as.matrix(read.delim("matrix.txt", row.names = 1))

文件被读取并转换为matrix类，因此可以进行适当的分析。

但是，我希望也能够使用 tidyverse 的 read_delim 读取矩阵文件，因此对于大型矩阵或大量矩阵的读取过程可以更快。我试过这个：

as.matrix(read_delim("matrix.txt", delim = "/t"))

但是数据以一种非常奇怪的格式被打乱，信息丢失了。有没有办法使用 tidyverse 工具阅读和处理发病率matrices？

谢谢！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

在 R 中，您需要使用反斜杠来表示特殊字符和转义字符。

试试

as.matrix(read_delim("matrix.txt", delim = "\t"))

read_delim 函数没有 row.names 选项，因此您必须转换数据以将行名作为行名（而不是第一列）。您应该在转换为矩阵之前执行此操作。

library(tidyverse)
matrix <- read_delim("matrix.txt", delim = "\t") %>%
  column_to_rownames(first_column) %>%
  as.matrix()

【讨论】：

非常感谢！它工作得很好。尽管如此，还是有些奇怪。我使用微基准测试了 read.delim 和 read_delim 这两种解决方案，而 tidyverse 的评估速度要慢得多。不应该反过来吗？

【解决方案2】：

试试这个

as.matrix(read_delim("matrix.txt", delim = "\t", col_names = F))

【讨论】：