将列表转换为二进制存在/不存在矩阵答案

【问题标题】：Convert a list into a bonary presence/absence matrix将列表转换为二进制存在/不存在矩阵
【发布时间】：2020-08-01 12:11:16
【问题描述】：

我有一个字符向量列表：

set.seed(1)
sets.list <- list(s1 = paste0("id",sample(1:10,3,replace=F)),
                  s2 = paste0("id",sample(1:10,4,replace=F)),
                  s3 = paste0("id",sample(1:10,4,replace=F)))

我想创建一个integermatrix，其中列是sets.list (sets.ids <- unique(unlist(sets.list))) 中的唯一值，行是sets.list 元素，值是值是否是 sets.list 元素的成员 (1) 或不是 (0)。

这就是我当前生成此matrix 的方式：

sets.mat <- do.call(rbind,lapply(sets.list, function(s){
  set.row <- rep(0,length(sets.ids))
  set.row[which(sets.ids %in% s)] <- 1
  return(set.row)
}))

colnames(sets.mat) <- sets.ids

我的问题是在代码方面是否有更简洁的东西（也许使用tidyverse）

【问题讨论】：

标签： r list matrix dplyr tidyverse

【解决方案1】：

我们可以使用mtabulate

library(qdapTools)
as.matrix(mtabulate(sets.list))

或 stack 将其转换为两列 data.frame，然后使用来自 base R 的 table

+(table(stack(sets.list)[2:1]) > 0)
#  values
#ind  id1 id2 id3 id4 id5 id7 id9
#  s1   0   0   0   1   0   1   1
#  s2   1   1   0   0   1   1   0
#  s3   1   1   1   0   1   0   0

【讨论】：

我将%>% data.matrix() 添加到mtabulate 选项，以便它返回matrix

【解决方案2】：

在将levels 转换为factor 和sets.ids 之后，我们使用table 计算sets.list 中每个列表元素的出现次数。

t(sapply(sets.list, function(x) table(factor(x, levels = sets.ids))))

#   id9 id4 id7 id1 id2 id5 id3
#s1   1   1   1   0   0   0   0
#s2   0   0   1   1   1   1   0
#s3   0   0   0   1   1   1   1

【讨论】：