R分成多列，转置和连接答案

【问题标题】：R separate into multiple columns, transpose and concatenateR分成多列，转置和连接
【发布时间】：2020-06-08 10:07:39
【问题描述】：

我有一个如下所示的数据框：

Pos HG00096 HG00097 HG00099 ......and so on(about 2000 variables)
230765867 0|0 0|0 0|1 ......
230765926 1|0 0|1 0|0 ......
230765941 0|0 1|1 0|0 .......

等等大约4000个观察结果

mydfexample <- tribble(
  ~Pos,~HG00096,~HG00097,~HG00099,
  "230765867","0|0","0|0","0|1",
  "230765926","1|0","0|1","0|0",
  "230765941","0|0","1|1","0|0",
  )

我的目标是将每一列分成两列 (sep = "|") 并将它们连接为每一列的一个字符串，如下所示。

HG00096.1 010.....
HG000096.2 000.....
HG00097.1 001....
HG00097.2 011......
HG00099 .1 000......
HG00099.2 100.......

到目前为止，我能够将它们分开并将其放入两个单独的列中（感谢 SO）。以下是代码：

f= function(x){
  mydfexample %>% 
    dplyr::select(Pos,x) %>%
    separate(x, paste0(x,c(".1",".2")))
}

names(mydfexample[2:4]) %>% 
  map(f) %>%
  reduce(left_join, by="Pos")

接下来，我的想法是做一个转置，联合起来得到最终的信息。我试图关注How to transpose a dataframe in tidyverse?，但这会改变最终数据框中列的顺序。我想保持0和1的顺序。现在它按位置排序，并希望保持相同的顺序。非常感谢任何指针或帮助。

【问题讨论】：

标签： r dplyr tidyr

【解决方案1】：

我们将pivot_longer 和separate 转换为“长”格式，分成两列

library(dplyr)
library(tidyr)
mydfexample %>% 
    pivot_longer(cols = -Pos) %>% 
    separate(value, into = c('value1', 'value2'))

基于预期的输出显示

library(stringr)
mydfexample %>% 
         pivot_longer(cols = -Pos)  %>%
          separate(value, into = c('value1', 'value2')) %>% 
          group_by(name) %>% 
          summarise_at(vars(starts_with('value')), str_c, collapse="") %>%
          pivot_longer(cols = -name, names_to = "Name") %>% 
          select(-Name) %>% 
          mutate(name = make.unique(name))
# A tibble: 6 x 2
#  name      value
#  <chr>     <chr>
#1 HG00096   010  
#2 HG00096.1 000  
#3 HG00097   001  
#4 HG00097.1 011  
#5 HG00099   000  
#6 HG00099.1 100

【讨论】：