获取目录中所有 .Rmd 文件中加载的所有包的列表答案

【问题标题】：Get a list of all packages loaded in all .Rmd files in a directory获取目录中所有 .Rmd 文件中加载的所有包的列表
【发布时间】：2020-02-19 00:33:20
【问题描述】：

假设我在~/directory1/ 中有 2 个（或任意数量的）.Rmd 文件。在每个文件中，我使用library(packagename) 加载了几个 R 包。如何获得一个字符向量，其中包含所有这些文件中加载的所有唯一包的名称？

【问题讨论】：

没有资格作为一个直接的答案，但您可以使用 unix 工具并像cat *.Rmd | grep 'library(' | sort | uniq 那样做某事来获取包括库在内的所有行的列表；可能仍然是两个左右 - 但无论如何：将 .Rmd 作为文本文件读取并提取库语句是 99% 的好方法。
另一个想法：将所有 *.Rmd 与例如cat ~/directory1/*.Rmd > ~/all_dir1.Rmd，构建 Rmd（尽管可能需要一段时间）并在 R 中运行 (.packages())（最后一个 Rmd 或 RStudio，我尝试了后者），这将为您提供计算期间加载的所有包。由于这可能需要一段时间，我可能会先去 grepping

标签： r r-markdown dependency-management

【解决方案1】：

#setwd(~/directory1/)
libs = lapply(list.files(pattern = "\\.Rmd$"),
              function(x){
                  d = readLines(x)
                  d = d[grepl("library\\(.*\\)", d)]
                  gsub("library\\((.*)\\)", "\\1", d)
              })
unique(unlist(libs))

【讨论】：