【问题标题】:Adding environmental data to CCA ordination in R将环境数据添加到 R 中的 CCA 排序
【发布时间】:2018-06-24 07:32:27
【问题描述】:

我正在使用 Phyloseq/vegan 软件包将环境数据添加到我的圣职中。运行排序后,输出告诉我:

Some constraints were aliased because they were collinear (redundant)

当我在环境数据列的公式中更改顺序时,只有前 7 个被认为是不受约束的。这可能是由于我拥有的环境数据数量缺乏样本造成的吗?我不确定我的下一步应该是什么。任何帮助都会很棒!

【问题讨论】:

    标签: r vegan


    【解决方案1】:

    您的环境变量是完全相关的。您的一个或几个约束变量可以与其他约束变量精确表达,并且没有新信息。您的变量的顺序将决定 哪些 变量对于第一个变量是多余的。这是关于你的限制,而不是关于观察的数量。

    这里是一个例子:在 vegan dune.env 数据中,自然管理(Management 级别 NM)是未受精的(Manure 级别 0)。如果您知道Management 级别是NM,那么您知道Manure 必须0,因此Manure 上的信息是多余的、多余的、不需要的,而且它是别名。如果变量的顺序发生变化,Manure 的级别(最后一个)之一将被别名。所以它是关于你的约束结构的,除非有一个新的实验设计,否则你无能为力。

    【讨论】:

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