【问题标题】:How to change font size of species labels in vegan's biplot() function如何在 vegan 的 biplot() 函数中更改物种标签的字体大小
【发布时间】:2018-05-19 14:35:26
【问题描述】:

我正在尝试创建一系列关于森林不同层(树冠和林下)昆虫丰度的 PCA 双图。我正在使用 rda() 函数执行此操作。为了创建情节,我使用了 vegan 的 biplot() 函数并对其进行了一些修改:

Family=read.table("Family2.txt", header=T)
strata=read.table("Strata.txt", header=T)

family.pca=rda(Family)

with(strata, levels(Strata))

biplot(family.pca, type=c("text", "none"), col=c("black", "black"), xlab="", 
ylab="")
title(xlab="PC1 (86.8%)", ylab="PC2 (9.7%)", mgp=c(2.2, 2.2, 0))
points=c(16, 1)
colour=c("black", "black")
with(strata, points(family.pca, display = "sites", col = colour, pch = 
points))
with(strata, legend("topright", legend = levels(Strata), bty = "n", col = 
colour, pch = points, pt.bg = points))

结果还不错:

但是因为我会将几个双图连接到一个更大的图表中,所以家庭的标签(通常称为“物种标签”)太小了。我尝试在biplot() 中使用cex=1.5 更改它们,但它似乎被函数的默认值覆盖。当我通过设置type=c("none", "none") 创建一个空的biplot 框架时,我可以使用text() 函数添加更大的物种标签,例如

text(family.pca, display = "species", cex = 1.0, col = "black")

但是我不知道如何将箭头添加到情节中(我真的很想把箭头放在那里......)。

有人知道这种情况的解决方案吗?非常感谢您的回答。

【问题讨论】:

    标签: r vegan biplot


    【解决方案1】:

    我建议转到?biplot,您应该在文档中看到对cex 参数的解释。这应该对您有所帮助,因为它与绘图的标签和这些标签的大小有关。

    【讨论】:

    • 这个答案对 OP 不是很有帮助。我不会投反对票,但建议花点时间让答案更有帮助……最好留下像 cmets 这样的“答案”。
    • 补充一点,这并不是那么直截了当:biplot 的 cex 参数似乎在某些情况下有效,例如 prcomp(例如biplot(prcomp(state.x77), cex=c(0.5,0.75))),但不适用于其他情况,例如 rda @Lukas 正在使用(例如biplot(prcomp(state.x77), cex=c(0.5,0.75)))。在这里同意@Mikko,拥有可重复的答案比推荐不起作用的解决方案更有用。如果我找到明确的答案,我会单独更新。
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