使用多个数据集进行 Procrustes 分析

Question

我对社区对环境梯度的反应感兴趣。我有 4 个不同组（无脊椎动物、硅藻、水生植物和鱼类）的物种数据（丰度）。而且我还有一组环境描述符（河流和集水区的物理化学参数）。我有 10 个流的所有这些信息。

我想计算 Procrustes 分析，看看这些组对环境梯度的反应是否相同。我在环境描述符上运行了不同的 RDA（每组 1 个 RDA）和一个 PCA。理想情况下，我想在我的 4 个 RDA 和 1 个 PCA（即总共 5 个配置）之间运行 Procrustes 分析。但是，vegan 包中的函数 procrustes 只允许使用 2 种配置...

有没有办法在同一个分析中对这 5 种配置进行分析？

Answer 1

您需要广义的 Procrustes 分析。它似乎至少在以下 R 包中可用：shapes、factoMiner、EvoMorph，显然还有几个其他人。

您也可以考虑使用 INDSCAL：查看 R 包 smacof、multiway、sensoMiner 以及您搜索的其他包R 软件包列表。