解决一次更新多个软件包时“无法删除先前安装的软件包”错误答案

【问题标题】：Addressing the "cannot remove prior installation of package" error when updating multiple packages at once解决一次更新多个软件包时“无法删除先前安装的软件包”错误
【发布时间】：2018-07-24 04:44:23
【问题描述】：

这是一个反复出现的问题，例如

我多次遇到这个问题。最烦人的是当它与一堆包一起发生时；例如我做类似的事情

update.packages(ask = FALSE)

并得到一些这样的错误。但该错误具有误导性，因为 R 倾向于实际上删除旧的软件包版本——但随后不会安装新版本。一旦发生这种情况，您将无法使用update.packages 修复它；您必须从头开始重新安装。

这个问题最令人沮丧的方面是它经常在安装依赖项时发生，例如我可能会成功更新dplyr，但在此过程中Rcpp 已被删除。现在我无法加载dplyr，因为缺少Rcpp，所以我需要重新安装Rcpp。

我当前的解决方法（当卸载的软件包数量很大时）是关闭我所有的 R 会话，使用基本 R GUI（即不是 RStudio 或 RTVS）打开一个新会话并执行

lapply(dir(.libPaths()), install.packages)

这会重新安装我的整个库。这是矫枉过正。

有没有更好的方法来检查.libPaths() 中的哪些文件夹实际上包含包，以便我只重新安装丢失的包？

或者：有没有更好的方法来检查缺少的包依赖关系？

【问题讨论】：

我看到我的问题被否决了几次。如果你能解释为什么这个问题被认为质量差，我很乐意改进它。

标签： r package-management

【解决方案1】：

一个策略是做

setdiff(dir(.libPaths()), .packages(all = TRUE))

获取库中似乎实际上不包含包的目录列表。现在我要重新安装的软件包列表要少得多。

我不确定它是否万无一失，但总比重新安装我的整个库要好。

【讨论】：