【问题标题】:What language is this file generated by Mascot version 1.0 written in?Mascot 1.0版生成的这个文件是用什么语言编写的?
【发布时间】:2016-08-07 10:40:33
【问题描述】:

我被分配了一项任务,从原始质谱数据 (file.mzML) 处理的文件中检索信息。 这些文件只有“.data”作为扩展名,当我打开它们时,我无法识别语言,因此我无法将它们加载到 R 中并对其进行处理。

.data 扩展名的文件包含在此文件夹中:

ftp://ftp.pride.ebi.ac.uk/pride/data/archive/2015/11/PXD000299/

有人可以查看任何 files.data 并告诉我使用的语言(例如 F010439)吗?

编辑:这些是一些 sn-ps

第 1 到 10 行

MIME-Version: 1.0 (Generated by Mascot version 1.0)
Content-Type: multipart/mixed; boundary=gc0p4Jq0M2Yt08jU534c0p

--gc0p4Jq0M2Yt08jU534c0p
Content-Type: application/x-Mascot; name="parameters"

LICENSE=Licensed to: INRA Tours, P-F Proteomique Analytique & Fonction.,Nouzilly (0085-0000003524/1), (2 processors).
MP=
NM=
COM=

120 到 130 行

NeutralLoss3_master=63.998285
--gc0p4Jq0M2Yt08jU534c0p
Content-Type: application/x-Mascot; name="unimod"

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<umod:unimod xmlns:umod="http://www.unimod.org/xmlns/schema/unimod_2" majorVersion="2" minorVersion="0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.unimod.org/xmlns/schema/unimod_2 unimod_2.xsd">
  <umod:elements>
    <umod:elem avge_mass="1.00794" full_name="Hydrogen" mono_mass="1.007825035" title="H"/>
    <umod:elem avge_mass="2.014101779" full_name="Deuterium" mono_mass="2.014101779" title="2H"/>
    <umod:elem avge_mass="6.941" full_name="Lithium" mono_mass="7.016003" title="Li"/>
    <umod:elem avge_mass="12.0107" full_name="Carbon" mono_mass="12" title="C"/>

【问题讨论】:

  • 文件可以用任何语言编写。您无法区分由 Java 程序编写的文本文件和使用其他任何程序编写的文本文件。 ASCII 和 Unicode 字符串是您的解决方案。
  • 技巧问题:这些文件是二进制文件吗? (答案:所有文件都是二进制文件。客户使用他们的特定镜头从它们中提取信息。)

标签: r identification


【解决方案1】:

看起来该文件是 MIME 编码的“多部分”文件,其中包含(至少)两个组件文件。

您可以使用 MIME 解码器对多部分进行解码。

第一个组件文件看起来像一个简单的“name=value”属性文件

第二个组件文件是 XML。


我不知道这是否相关,但搜索 Mascot file format 给了我这个参考页面:

此外,当我搜索 parser "x-mascot"parser mascot 时,也有一些有趣的结果。如果您能找到现有的解析器,那么您也许可以节省自己的实施工作。

【讨论】:

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