库中的错误（qdap）：没有名为“qdap”的包

Question

我已经安装了 qdap：

install.packages("qdap")

下载所有内容需要一段时间，但控制台会填满所有下载内容，最后我收到如下消息：

Warning in install.packages :
  installation of package ‘qdap’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpeTzuKz/downloaded_packages’
> library(qdap)
Error in library(qdap) : there is no package called ‘qdap’
> 

This SO 帖子让我尝试添加dependencies = TRUE，但问题仍然存在。

这是会话信息

sessionInfo():
> sessionInfo()
R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/libopenblasp-r0.2.18.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.0 tools_3.4.0   

我昨天发现的另一篇文章（现在通过 Google 搜索无法再次找到）建议我删除我的库目录中现有的 qdap 文件，关闭我的会话，重新启动并全新安装。没有完全称为 qdap 的软件包，但我删除了一些名称中带有 qdap 的软件包。我的问题仍然存在，我无法安装 qdap。

我不确定要提供哪些其他信息？任何帮助表示赞赏。

以下是尝试安装 qdap 时产生的错误：

./configure：第 3736 行：/usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java：否 此类文件或目录没有配置：错误：Java 解释器 '/usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java' 不起作用错误： 包“rJava”的配置失败 *删除'/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rJava' install.packages中的警告：安装包'rJava'有 非零退出状态错误：依赖项“rJava”不可用于 包‘openNLPdata’ * 删除‘/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/openNLPdata’警告 在 install.packages 中：安装了“openNLPdata”包 非零退出状态错误：依赖项“rJava”不可用于 包'xlsxjars' * 删除 install.packages 中的“/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/xlsxjars”警告：安装包“xlsxjars”有 非零退出状态错误：依赖项“rJava”不可用于 包装“venneuler” * 删除“/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/venneuler”警告 在 install.packages ：安装包“venneuler”有 非零退出状态错误：依赖项“openNLPdata”、“rJava”是 不适用于“openNLP”包 *删除'/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/openNLP' install.packages中的警告：安装包'openNLP'有 非零退出状态错误：依赖项“rJava”、“xlsxjars”不是 可用于包“xlsx” *删除'/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/xlsx' install.packages中的警告：安装包'xlsx'有 非零退出状态错误：依赖项'openNLP'，'venneuler'， 'xlsx' 不适用于包'qdap' *删除'/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/qdap' install.packages中的警告：安装包'qdap'有 非零退出状态

由于这看起来像是一个 rJava 问题，我发现了 this 帖子并在终端中尝试了投票最高的答案：

apt-get install r-cran-rjava

导致：

E: Could not open lock file /var/lib/dpkg/lock - open (13: Permission denied)
E: Unable to lock the administration directory (/var/lib/dpkg/), are you root?

我希望在不成为 root 用户的情况下有办法解决这个问题？我对linux不太熟悉。我可以安装其他 p 包。

Answer 1

当您没有 root 访问权限时，此问题有一个解决方案。

1. 下载 Java（确保安装 JDK）并将其安装在您的 $HOME 中

   您可以这样做，因为 Oracle 的 Java 只是一个 tar.gz 包

2. 确保设置 JAVA_HOME

   export JAVA_HOME=$HOME/opt/my_jdk_installation
   

3. 一旦你有了 Java，你必须重新配置 R

   只需告诉 R 你的 Java 在哪里

   R CMD javareconf \
   JAVA_HOME=${JAVA_HOME} \
   JAVA=${JAVA_HOME}/bin/java \
   JAVAC=${JAVA_HOME}/bin/javac \
   JAVAH=${JAVA_HOME}/bin/javah \
   JAR=${JAVA_HOME}/bin/jar \
   JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/jre/lib/server \
   JAVA_CPPFLAGS="-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/linux"
   

从现在开始，R 应该使用您个人安装的 Java。这样，您就不必依赖系统管理员了。