Ubuntu 18.04 RJDBC：到 oracle 的 JDBC 连接挂起没有响应答案

【问题标题】：Ubuntu 18.04 RJDBC:JDBC connection to oracle hangs no responseUbuntu 18.04 RJDBC：到 oracle 的 JDBC 连接挂起没有响应
【发布时间】：2019-10-27 00:02:40
【问题描述】：

我使用来自 oracle 数据库的数据开发了一个闪亮的应用程序，我的应用程序在我的 Windows 环境中开发和运行顺利。为了在我的大学中部署我的应用程序，我将其编写为一个包并将这些包安装在 ubuntu 服务器上。 Ubuntu 18.04.2 LTS（GNU/Linux 4.15.0-50-generic x86_64） Shiny 服务器已安装并找到包，应用程序正在运行。

但是当我尝试创建到 oracle 的连接时，我的应用程序断开连接并要求我重新加载会话。

所以我只提取了构建连接的代码并包含了几条消息，它在使用 RJDBC 包中的 dbconnet 时挂起。

我检查了几个环境变量，例如 PATH、JAVA_HOME、LD_LIBRARY_PATH。我几乎没有使用 linux 的经验。

Java 版本 openjdk 版本“11.0.3” 2019-04-16 OpenJDK 运行环境（build 11.0.3+7-Ubuntu-1ubuntu218.04.1） OpenJDK 64-Bit Server VM（build 11.0.3+7-Ubuntu-1ubuntu218.04.1，混合模式，共享）

Oracle 数据库 Oracle Database 11g Enterprise Edition Release 11.2.0.2.0 - 64 位生产

我正在使用驱动程序 ojdbc7.jar，因为它似乎是最新版本。

    library(rJava)
    library(DBI)
    library(RJDBC)

    options(java.parameters="-Xmx2g")
    .jinit()
    print(.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.version"))

    initialize_db_con <- function(driverClass = 'oracle.jdbc.driver.OracleDriver',
                          classPath = "pathtomyfile/ojdbc7.jar",
                          dbn = 'jdbc:oracle:thin:@xx.xx.xx.xx:xxxx/mydb',
                          usr = NULL, pwd = NULL) {
      driverClass <- 'oracle.jdbc.driver.OracleDriver'
      message("Setting user and password manually")

      creds <- list(user = usr, pw = pwd)


      drv <- RJDBC::JDBC(driverClass = driverClass, classPath = classPath, identifier.quote = '´')
      message("driver is set")
      con <- RJDBC::dbConnect(drv = drv, dbn, creds$user, creds$pw)
      message("connection has been build")
      return(con)
    }


    usr <- "myuser"
    pwd <- "mypassword"

    con <- initialize_db_con(usr=usr, pwd = pwd)

所以在等待大约 30 秒后会出现此错误消息。

    Error in .jcall("java/sql/DriverManager", "Ljava/sql/Connection;",      "getConnection",  :
    ignoring SIGPIPE signal

为什么无法建立连接，有什么建议吗？

【问题讨论】：

这个列表越来越多，不知道是什么意思...？！
哦，按CTRL + C
好的，所以我得到了这 6 个数据包传输，6 个数据包接收，0% 数据包丢失，时间 5102ms rtt min/avg/max/mdev = 0.020/0.021/0.023/0.005 ms
我进行了一些搜索，但只能找到有关您 2012 年错误的帖子：r.789695.n4.nabble.com/… 当我查看存档（2012 年第四季度）时，答案似乎是“尝试 ROracle”。抱歉，我无法提供更多帮助
谢谢菲尔，我也找到了这个页面。但我很确定必须有 rJava、RJDBC 的解决方案。我还找到了这个页面github.com/Microsoft/mssql-jdbc/issues/784，这可能与我的问题有关吗？如果是这样，我该如何解决？

标签： r ubuntu jdbc dbconnection rjdbc

【解决方案1】：

我知道这是旧的，并且询问它的用户很久以前就离开了，但是以防万一有人遇到同样的问题，我将发布我的解决方案：我通过添加以下行解决了它：

options(java.parameters="-Djava.security.egd=file:///dev/urandom")
library(rJava)

显然there is a problem 在 Linux 上使用 JDBC 驱动程序，因为 /dev/random 的阻塞特性。 tcpdump 跟踪显示流量，但在“auth session”TNS 数据包后连接卡住了。 strace 显示进程被锁定等待 /dev/random：

open("/dev/random", O_RDONLY)           = 22
...
read(22, 0x7ffc27416f10, 8)             = ? ERESTARTSYS (To be restarted if SA_RESTART is set)

稍加搜索就完成了剩下的工作。

这几天我一直被困在这个问题上，这就是我希望在这里发布的答案，所以它就是这样。

【讨论】：

【解决方案2】：

对于有类似问题的每个人，我想发布我的解决方案。环境变量只为用户 root 设置，而不是为所有其他用户设置，包括来自 shiny-app 的用户。

https://askubuntu.com/questions/866161/setting-path-variable-in-etc-environment-vs-profile

这个页面对理解ubuntu连接oracle的过程也很有帮助 https://edstevensdba.wordpress.com/2011/02/09/sqlnet_overview/

【讨论】：