使用docker时如何运行带有入口点的Rscript？

【问题标题】：How to run an Rscript with entrypoint when using docker?使用docker时如何运行带有入口点的Rscript？
【发布时间】：2022-01-24 02:33:24
【问题描述】：

我正在尝试通过入口点运行 Rscript，但由于某种原因，当我这样做时，它无法识别该文件。这是一个例子。

docker run -it --rm  -v /N/Rfinal/:/tmp --entrypoint "Rscript /tmp/test.R" rocker/rstudio:latest
docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:345: 
starting container process caused "exec: \"Rscript /tmp/test.R\": 
stat Rscript /tmp/test.R: no such file or directory": unknown.

我可以获得 bash 命令的方式是通过这个特定 docker 的入口点。有什么我可以做的吗？谢谢。

【问题讨论】：

将入口点设为“Rscript”，然后将文件名放在 docker 镜像名称之后。入口点是可执行文件，而不是完整的命令
docker run --entrypoint 有点不方便，而且大多数图像实际上并不需要它。你能docker run ... rocker/rstudio Rscript /tmp/test.R 提供一个命令覆盖（不带引号）而不是尝试覆盖入口点吗？
@jakub 谢谢，既然你这么说，这很有意义。

标签： r docker

【解决方案1】：

--entrypoint 参数采用可执行文件的名称，例如 bash、Rscript、python 等。该可执行文件的参数将位于 docker 映像名称之后。

docker run -it --rm  -v /N/Rfinal/:/tmp --entrypoint Rscript rocker/rstudio:latest /tmp/test.R

您将使用该表单来覆盖 docker 映像的默认入口点。但是rocker docker镜像没有设置入口点，所以入口点是/bin/sh（追踪基础镜像到ubuntu:focal后发现）。因为入口点是/bin/sh，所以你可以在docker镜像之后简单地使用Rscript /tmp/test.R。

docker run -it --rm  -v /N/Rfinal/:/tmp rocker/rstudio:latest Rscript /tmp/test.R

【讨论】：