knitr/rmarkdown/Latex：如何交叉引用图形和表格？

Question

我正在尝试在使用 knitr/rmarkdown 生成的 PDF 中交叉引用图形和表格。在 SO 和 tex.stackexchange 上有一些问题（例如here 和 here），建议内联执行此操作的方法是添加 \ref{fig:my_fig}，其中 my_fig 是块标签。但是，当我在我的 rmarkdown 文档中尝试这样做时，我得到了 ?? 数字应该在哪里。我想了解如何让交叉引用正常工作。

下面是一个可重现的示例。有两个文件：rmarkdown 文件加上一个 header.tex 文件，我已经包括在内，以防它影响答案（尽管无论我是否包括 header.tex 文件，我都有同样的问题）。

在rmarkdown 文件中有三个交叉引用示例。示例 1 是交叉引用失败的图形（显示?? 而不是图形编号）。还有第二次注释掉的尝试（基于this SO answer），我尝试在块之前和之后使用latex 标记设置图形环境、标签和标题，但这会导致pandoc 错误时我试着编织文件。错误是：

! Missing $ inserted.
<inserted text> 
                $
l.108 ![](testCrossRef_

示例 2 使用 xtable 和交叉引用作品。示例 3 使用 kable 并且交叉引用失败。

本文底部包含 PDF 输出的屏幕截图。

rmarkdown文件

---
title: | 
  | My Title  
author: | 
  | eipi10  
  | Department of Redundancy Department  
date: "`r format(Sys.time(), '%B %e, %Y')`"
output: 
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    includes:
      in_header: header.tex
    keep_tex: yes
fontsize: 11pt
geometry: margin=1in
graphics: yes
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, fig.height=2, fig.width=4)
```

# Example 1. Figure

This is a report. Take a look at Figure \ref{fig:fig1}.  

```{r fig1, echo=FALSE, fig.cap="This is a caption"}
plot(mtcars$wt, mtcars$mpg)
```

<!-- Now, let's take a look at this other plot in Figure \ref{fig:fig2}. -->

<!-- \begin{figure} -->
<!-- ```{r fig2, echo=FALSE} -->
<!-- plot(mtcars$cyl, mtcars$mpg) -->
<!-- ``` -->
<!-- \caption{This is another caption} -->
<!-- \label{fig:fig2} -->
<!-- \end{figure} -->

# Example 2: `xtable`

Some more text. See Table \ref{tab:tab1} below. 

```{r echo=FALSE, results="asis"}
library(xtable)
print.xtable(
  xtable(mtcars[1:3,1:4], label="tab:tab1", caption="An xtable table"), 
  comment=FALSE)
```

# Example 3: `kable`

Some more text. See Table \ref{tab:tab2} below. 

```{r tab2, echo=FALSE}
library(knitr)
kable(mtcars[1:3,1:4], caption="A `kable` table")
```

header.tex文件

% Caption on top
% https://tex.stackexchange.com/a/14862/4762
\usepackage{floatrow}
\floatsetup[figure]{capposition=top}
\floatsetup[table]{capposition=top}

PDF 输出

Answer 1

你可以试试captioner 包。您可以在this link 中找到示例。

在我的例子中，我包含了一个代码块：

table_captions <- captioner::captioner(prefix="Tab.")
figure_captions <- captioner::captioner(prefix="Fig.")

t.ref <- function(label){
  stringr::str_extract(table_captions(label), "[^:]*")
}

f.ref <- function(label){
  stringr::str_extract(figure_captions(label), "[^:]*")
}

在定义代码块时，我在表格和图形中包含标题，如下所示：

```{r chunk_creating_one_figure, echo=FALSE, fig.cap=figure_captions("one_figure", "figure label")}
plot(1)
```

或

```{r chunk_creating_one_table, echo=FALSE, fig.cap=table_captions("one_table", "table label")}
knitr::kable(data.frame(col="something"), format="markdown")
```

引用在我的 Rmarkdown 中都包含在 inline_text 中：

As shown in figure `r f.ref("one_figure")`
Data is shown on table `r t.ref("one_table")`

Answer 2

您可以使用输出格式bookdown::pdf_document2代替pdf_document，引用图形的语法为\@ref(fig:chunk-label)；详情见文档：https://bookdown.org/yihui/bookdown/figures.html

Answer 3

在I can't generate \label{fig:mwe-plot} with knitr 之后，将\label{...} 添加到标题参数将在基础tex 文件中生成标签，即

```{r fig1, echo=FALSE, fig.cap="\\label{fig:fig1}This is a caption"}
plot(mtcars$wt, mtcars$mpg)
```

和

```{r tab2, echo=FALSE}
library(knitr)
kable(mtcars[1:3,1:4], caption="\\label{tab:tab2}A `kable` table")
```