当弧与另一弧重叠时自动弯曲弧

Question

我正在自动生成其节点需要位于固定位置的图形。例如：

实际上有一条从节点V4到节点V16的弧，但是我们没有看到它，因为也有从V4到V10和从V10到V16的弧。

请注意，节点和弧都是自动生成的，并且位置可能会有所不同，因此我需要一种自动方法来弯曲隐藏在其他弧后面的弧。

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另请注意，这些解决方案均无效：igraph: Resolving tight overlapping nodes； Using igraph, how to force curvature when arrows point in opposite directions。第一个只是以某种方式放置de节点，但我的节点需要固定。第二个简单地处理一对节点，这些节点有两条弧线连接它们，方向相反。

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更新：图的构造是使用 bnlearn 库形成Bayesian Network 的图的学习过程的结果，所以我不太确定如何生成可重现的示例。节点的位置是固定的，因为它们代表位置。我实际上需要一些魔法，某种重叠弧的检测：如果两条弧重叠，稍微弯曲其中一个，以便可以看到它。我从链接的问题中知道弯曲弧线是一种选择，所以我想也许可以实现这种魔法

Answer 1

一种解决方案是使用qgraph 包。在下面的示例中，它会自动弯曲双向边缘：

library(igraph)
library(qgraph)

# the raster layout
layout <- cbind(1:3, rep(1:3, each = 3))
# fully connected network
adj <- matrix(1, 9, 9)

# plot directed and undirected network
layout(matrix(1:2, 1, 2))
qgraph(adj, layout = layout, directed = FALSE, title = "undirected")
qgraph(adj, layout = layout, directed = TRUE, title = "directed") # automatically curves the bidirectional arrows

要将igraph 对象转换为 qgraph 可以使用的对象，您只需要一个边列表或邻接矩阵：

g <- make_ring(9)
edgeList <- do.call(rbind, igraph::get.adjedgelist(g))
qgraph(edgeList)

如果您还想包含坐标轴，您可以使用axis() 这样做，因为 qgraph 使用基本图形。但是，您可能还需要修改 par() 以使其看起来不错。