R统计包：包装GOFrame对象答案

【问题标题】：R statistical package: wrapping GOFrame objectsR统计包：包装GOFrame对象
【发布时间】：2010-12-15 20:53:29
【问题描述】：

我正在尝试生成 GOFrame 对象，以便在 R 中为不受支持的生物体生成基因本体映射（参见 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GOstats/inst/doc/GOstatsForUnsupportedOrganisms.pdf）。

但是，按照说明进行操作并不能帮助我。这是我执行的代码（ubuntu koala 64 位上的 R 2.9.2）

library("AnnotationDbi")
library("org.Hs.eg.db")
frame = toTable(org.Hs.egGO)
goframeData = data.frame(frame$go_id, frame$Evidence, frame$gene_id)
goFrame = GOFrame(goframeData, organism = "Homo sapiens")

但是，当我尝试将我的数据框映射到 goFrame 对象时，我得到了这个错误

Error: could not find function "GOFrame"

我很确定 GOFrame 包装器在 AnnotationDBI 库中，所以我很困惑。任何帮助都非常感谢:-)

【问题讨论】：

标签： r statistics bioinformatics bioconductor

【解决方案1】：

我认为这是您的 R 版本。 GOFrame 包装被描述为仅在最新版本之后才在 bioconductor AnnotationDBI 中得到支持。

我刚刚尝试过，它适用于 R 2.10.0

享受吧！

【讨论】：

【解决方案2】：

根据package description，Go.db 包仅被建议而不是依赖。因此，一个简单的

 library(GO.db)

似乎是你需要做的。

【讨论】：

不，它仍然没有加载它。该方法似乎只有R 2.10.0版本！
我怀疑它是 R 版本，但 BioC 习惯于将其发布与 R 版本相关联。所以可能不是 R 2.10.0 本身 - 但考虑到 R 2.10.0，AnnotationDBI 的（隐含）版本可以工作吗？