Rscript：将路径文件定义为参数

Question

我试试这个命令：

Rscript "/Users/test/Scripts/arg_test.R" "path_in=/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Description.csv" path_in2="/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv"

但我有这个错误： 解析错误（text = args[[i]]）：“path_in=/”中的意外'/'

Rscript 的一部分：

args=(commandArgs(TRUE))

if(length(args)==0){
    print("No arguments supplied.")
}else{
    for(i in 1:length(args)){
         eval(parse(text=args[[i]]))
    }
}


path_out = "/Users/test/Rproject/Results/"

annotation = read.csv(paste(path_in, sep=""))

modules = read.csv(paste(path_in2, sep=""))

merge_output = merge(annotation, modules, by = "Module")

如何将 path_in 定义为参数（args）？

谢谢。

Answer 1

用正确的赋值运算符 <- 替换 = 并用单引号保护每个参数对我有用：

Rscript /tmp/RscriptArgs.R  \
  'path_in<-"/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Description.csv"'  \
  'path_in2<-"/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv"'

/tmp/RscriptArgs.R 是您从脚本中显示的内容。

Answer 2

双引号内有path_in=，但外有path_in2=。会不会是这个问题？

Answer 3

谢谢你，我刚刚解决了我的问题！

我应该使用“path_in='/Users/test/...'”而不是“path_in=/Users/test/...”。 与报价配合使用。

Rscript "/Users/test/Scripts/arg_test.R" "path_in='/Users/test/GR/web-app/Rproject/Inputs/Rmerge/Gene-level Description for Modules.csv'" "path_in2='/Users/test/IdeaProjects/Rproject/Inputs/Rmerge/Template_Auto.csv'"

由 Dirk 修复添加也可以正常工作（谢谢）！