在 R 中，从“IRR”包输出中以 LaTeX、PDF 或 HTML 格式制作一个“漂亮”的结果表

Question

背景

我正在使用R 中的irr 包为我正在做的项目生成一些评估者间可靠性统计数据。下面是使用包的内置数据的 Fleiss 的 Kappa 示例：

install.packages("irr")
library(irr)
data("diagnoses", package = "irr")
diagnoses2 <- diagnoses[, 1:3]
kappam.fleiss(diagnoses2)

这给出了一个简单的小输出表，在 R 控制台中如下所示：

问题和期望的结果

我想“美化”这个输出，以便我可以将它导入到我用来编写结果的 LaTeX 文档中。

我基本上会采用任何格式，只要它或多或少是自动的：LaTeX、PDF 或 PNG 图像，甚至是表格​​的 HTML 版本。问题是我要制作几个这样的输出表，我宁愿不必笨拙地手动将它们转换为 LaTeX 格式。如果必须，我会这样做，但我很想节省时间。

我的尝试

我已经尝试过像这样使用knitr：

knitr::kable(diagnoses2, "latex")

但效果不太好：cannot coerce class ‘"irrlist"’ to a data.frame。

我查看了另外两个过去帮助过我的软件包，texreg 和 stargazer，但他们的文档并没有说他们支持 irr 输出，所以我还没有真正尝试过它们然而。 （虽然我会发布这个。）与此同时，我也会通过this post 看看是否有任何效果。感谢您的宝贵时间。

编辑/补充

@akrun 和 @TarJae 使用新颖的（对我而言）方法和包提供了一些简洁的答案。这些方法对于不是irr 但在texreg 或stargazer 等包中也没有“官方支持”的包的统计输出可能有很大帮助。换句话说，我认为它们可能会推广到其他情况。我希望读者检查他们！

Answer 1

我们可以使用gtsummary。详细改编见这里：http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/

out <- do.call(data.frame, kappam.fleiss(diagnoses2))

library(gtsummary)

out %>% 
  tbl_summary

Answer 2

如果我们直接在输出上应用data.frame，它不会工作，因为class

as.data.frame(kappam.fleiss(diagnoses2))

as.data.frame.default(kappam.fleiss(diagnoses2)) 中的错误： 无法将“irrlist”类强制转换为 data.frame

我们可以在do.call 内转换为data.frame

out <- do.call(data.frame, kappam.fleiss(diagnoses2))

-检查结构

> str(out)
'data.frame':   1 obs. of  8 variables:
 $ method   : chr "Fleiss' Kappa for m Raters"
 $ subjects : int 30
 $ raters   : int 3
 $ irr.name : chr "Kappa"
 $ value    : num 0.534
 $ stat.name: chr "z"
 $ statistic: num 9.89
 $ p.value  : num 0

一旦我们转换成data.frame，kable 就可以工作了

> knitr::kable(out, "latex")

\begin{tabular}{l|r|r|l|r|l|r|r}
\hline
method & subjects & raters & irr.name & value & stat.name & statistic & p.value\\
\hline
Fleiss' Kappa for m Raters & 30 & 3 & Kappa & 0.5343368 & z & 9.893792 & 0\\
\hline
\end{tabular}