如何使用 Quarto 获取（）外部 R 脚本？答案

【问题标题】：How to source() an external R script using Quarto?如何使用 Quarto 获取（）外部 R 脚本？
【发布时间】：2023-02-02 04:00:08
【问题描述】：

我正在试用四开本并将我的 Rmarkdown 文件“转换”为四开本文档。在我的旧 Rmarkdown 文件中，我会使用 source("R_datacleaning.R") 和 source("R_Functions.R") 来运行数据清理并加载一些功能。我也试过 source(here("R_Functions.R")) 但它也不起作用。 R 脚本和 qmd 文件位于同一目录中。

我似乎无法让它在 .qmd 中工作。我得到的错误是Error: RStudio not running。我四处搜索并查看了 Quarto 文档，但找不到与此相关的任何内容。我认为我可能对 RStudio 中的 Quarto 环境不了解。将不胜感激任何帮助，谢谢！

编辑：

---
title: "quarto_test2"
format: html
---

```{r}
library(here)

source(here("R_Functions.R"))
```

错误信息是：

processing file: quarto_test2.qmd
  |..........                                                            |  14%
  ordinary text without R code

  |....................                                                  |  29%
label: unnamed-chunk-1
Quitting from lines 7-10 (quarto_test2.qmd) 
Error: RStudio not running

Execution halted

如前所述，R_Functions.R 与 quarto_test2.qmd 位于同一目录中。

版本信息

RStudio 版本为2022.07.2。
R 版本4.2.0。
四开版1.1.245。

【问题讨论】：

请提供一个最小的可重现示例，该示例不适用于您的情况并给出错误。还包括您使用的quarto 和 Rstudio 版本的信息。
我觉得不需要包含 reprex，因为我很确定这不是我的代码的问题，但是 source() 函数在 .qmd 中不起作用。可能是目录问题，或者是 knitr 的问题，我不明白。无论如何，如果你真的想要一个，我仍然会用一个 reprex 更新主要帖子。
是的，请做。包含一个代表总是一个更好的主意，即使它看起来微不足道（因为对你来说似乎微不足道的东西，对其他人来说可能不是）。无论如何，我已经在 qmd 文件中多次使用 source() 并且到目前为止没有遇到任何问题:)
谢谢，我已经添加了代表。我看到 Quarto 是在 R 版本 4.2.1 下构建的，但我的是 4.2.0。不确定是不是这样？你在 .R 文件上使用过 source() 吗？ list.files() 正确指向我的目录并打印"quarto_test2.qmd" 和"R_Functions.R" 此外，无论我是否包含here()，问题/错误都不会改变。
是的。我在 R 文件上使用了source。顺便说一句，你的脚本R_Functions.R的内容是什么？

标签： r quarto

【解决方案1】：

我在pdf中取得了成功

---
title: "source() external R script in Quarto, in PDF"
format: 
  pdf:
    toc: true # table of contents
---

一些文字...

```{r}
#| echo: true
#| eval: false # skip evaluation
#| file: C:/directory/script.R
```

一些文字...

【讨论】：