如何计算 R2 或 RDA 中 PCA 中每个负载对 RDA 的贡献？

Question

我对我的数据进行了标准的 RDA 分析。我正在努力寻找对一些重要见解的正式分析（即我需要一种方法来在我的论文中报告这些陈述）

1. R2 值 + 每个环境变量的重要性等级或顺序？我可以看到灌木解释了最少的变化，但在其他三个之间，我无法确定哪个更长。另外，有没有办法获得 R2 或 Contribution to RDA model？ anova.cca(mite.spe.rda.signif, step = 1000, by = "term") 仅提供方差和 p 值。我想了解更多的实力和贡献。基本上我想为我的论文创建一个这样的表格（附在下面）

2. 考虑位于 Shrub 和 WaterCont 之间的红色 x ~(-0.5,-0.5)。我想估计 Shru 或 WaterCont 是否解释了更多的变化。我如何计算每次加载的距离来支持我的观点？

   # Load mite species abundance data
    data("mite")
    # Load environmental data
    data("mite.env")
   
    # Hellinger transform the community data
    mite.spe.hel <- decostand(mite, method = "hellinger")
   
    # Standardize quantitative environmental data
    mite.env$SubsDens <- decostand(mite.env$SubsDens, method = "standardize")
    mite.env$WatrCont <- decostand(mite.env$WatrCont, method = "standardize")
   
    mite.spe.rda.signif <- rda(mite.spe.hel ~ WatrCont + Shrub +
        Substrate + Topo + SubsDens, data = mite.env)
   
    # Find the adjusted R2 of the model with the retained env
    # variables
    RsquareAdj(mite.spe.rda.signif)$adj.r.squared
   
    anova.cca(mite.spe.rda.signif, step = 1000, by = "term")
   
    # Scaling 2
    ordiplot(mite.spe.rda.signif, scaling = 2, main = "Mite RDA - Scaling 2")
   

   我要创建的表

Answer 1

你可以在 R 中使用 rdacca.hp 包。生态学和进化方法中的相关论文！ https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/2041-210X.13800