【发布时间】:2023-01-24 21:23:36
【问题描述】:
嗨,我的文件看起来像:
>ID.1
GGAACACGACATCCTGCAGGGTTAAAAAAGAAAAAATCAGTAAAAGTACTGGA
>ID.2
GGAATACCACATCCCGCAGGGTTAAAAAAGAAAAAATCAGTAACAGTACTGGA
我想移动这些行,以便第 1 行与第 3 行交换,第 2 行与第 4 行交换。
>ID.2
GGAATACCACATCCCGCAGGGTTAAAAAAGAAAAAATCAGTAACAGTACTGGA
>ID.1
GGAACACGACATCCTGCAGGGTTAAAAAAGAAAAAATCAGTAAAAGTACTGGA
我考虑过使用cut,所以将这些行剪切发送到其他文件中,然后使用paste 将它们全部按所需顺序返回,但是有没有使用 awk/sed 的解决方案。
编辑:该文件始终有 4 行(2 个 fasta 条目),仅此而已。
【问题讨论】:
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如果一个文件包含 5 或 6 行怎么办?
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我看不出
cut在这里有什么帮助,所以如果你能想到一个cut/paste解决方案,我很想知道。如果我必须实现它,我会首先创建文件中所有行的数组,然后根据元素的不同顺序编写新文件。 -
我也无法想象您认为
cut和paste会如何帮助您解决这个问题,但您可以使用awk或sed以及 manhead和tail来完成。