【问题标题】：follow softlinks when reading file in h5py在 h5py 中读取文件时遵循软链接
【发布时间】：2023-01-05 17:04:32
【问题描述】：

我有一个 hdf5 文件，其中有一个包含 Nx3 矩阵的大数据集，用于存储 3D 位置。该数据集在多个使用软链接的组中引用，如下面的层次结构所示

/
/POINTS (the big dataset)
/mesh0
/mesh0/POINTS (softlink to /POINTS)
/mesh1
/mesh1/POINTS (softlink to /POINTS)

但是，为了使用 h5py 加载它，我迭代了我的组，如果我找到了一个网格（一个具有称为网格的属性的组），我假设有一个 POINTS 数据集并解析它。问题是这是为每个 POINTS 数据集创建新的 numpy 矩阵。

# This creates a new numpy array, which is inefficient is we are dealing with softlinks
points = mesh_group["POINTS"][::]

我想知道如何检查数据集的链接是否是软链接，因此我只能创建一次矩阵。

【问题讨论】：

标签： h5py hdf

【解决方案1】：

要在使用 h5py 读取文件时跟踪软链接，可以使用 h5py.File.visit() 方法。此方法允许您遍历 HDF5 文件的层次结构并访问其中的所有组和数据集。导入 h5py

打开文件

f = h5py.File('myfile.hdf5', 'r')

定义将为每个组或数据集调用的回调函数

def visit_callback（名称）： # 获取指定名称的对象 obj = f[名称]

# If the object is a softlink, follow it and print the target object's name
if isinstance(obj, h5py.SoftLink):
    target_obj = obj.resolve()
    print(f'{name} is a softlink to {target_obj.name}')
# Otherwise, just print the object's name
else:
    print(name)

访问文件中的所有对象并为每个对象调用回调函数

f.visit(visit_callback)

关闭文件

f.close() 此代码将打开文件“myfile.hdf5”，然后遍历层次结构并为文件中的每个组和数据集调用 visit_callback() 函数。如果对象是软链接，回调函数将跟随链接并打印目标对象的名称。如果对象不是软链接，回调函数将简单地打印对象的名称。

【讨论】：