我正在尝试对一小组微生物群落样本进行多变量方差分析检验。我尝试过使用 anosim、manova 以及 vegan 包中的 adonis 函数，但我不断遇到类似的错误“如果 na.rm=FALSE 则缺少值。我不确定如何解决这个问题，因为不是每个 OTU在每个样本中都有代表。关于如何在运行这些测试之前格式化我的数据集/或绕过这个问题的任何提示/资源？我是 R 的初学者，我很迷茫。
我尝试了素食包中的 manova、anosim 和 adonis/adonis2。我的数据有四个分类环境因素以及每个样本约 200 个域级 OTU。我希望在样本之间进行多变量分析，以及与我的一个环境变量相关的配对多变量分析。
【问题讨论】：
标签： manova
听起来您遇到此错误是因为您的数据包含缺失值。解决此问题的一种方法是使用 R 中的 na.omit() 函数删除数据集中包含缺失值的任何行。这将确保您的数据集只包含完整的观察结果，这应该允许您运行多变量分析而不会遇到错误。
另一种选择是在 manova()、anosim() 或 adonis() 函数中使用 na.action 参数来指定您希望 R 如何处理缺失值。例如，您可以使用 na.action=na.exclude 从分析中排除任何具有缺失值的行，或者您可以使用 na.action=na.impute 使用合适的方法来估算缺失值。
最后，您还可以尝试使用对缺失值更稳健的多变量分析的不同方法。例如，R 中的 vegan 包提供了多种其他可用于多变量分析的函数，例如 capscale()、dbRDA() 和 rda()，它们可能更适合您的数据集。
总的来说，关键是要仔细考虑数据中的缺失值将如何影响你的分析，并选择一种方法和方法，让你能够正确地解释它们。我建议查阅您正在使用的特定函数的文档，以及有关 R 中多元分析的其他资源，以帮助您了解您的选项并为您的数据选择最佳方法。
【讨论】：