我需要在 Python 上绘制质谱数据的散点图答案

【问题标题】：I need to make a scatter plot of Mass Spectrometry data on Python我需要在 Python 上绘制质谱数据的散点图
【发布时间】：2022-11-19 02:18:12
【问题描述】：

该图应如下所示：

This is the plot I want:

但我得到的是这张图，并显示以下错误消息： My current Plot

I'm getting this Pycharm message in red after running my program:

MatplotlibDeprecationWarning: The resize_event function was deprecated in Matplotlib 3.6 and will be removed two minor releases later. Use callbacks.process('resize_event', ResizeEvent(...)) instead.
  plt.title("Spectra")

我怎样才能改进我的图表，使其看起来像上面的图表或真正的散点图？

这是我的代码：

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
x = []
y = []
for line in open('Maldi', 'r'):
    lines = [i for i in line.split()]
    x.append(float(lines[0]))
    y.append(float(lines[1]))


plt.title("Spectra")
plt.xlabel('m/z')
plt.ylabel('Intensity')
plt.yticks(y)
plt.scatter(x, y, marker ='o', c ='black')
plt.show()

数据集很大。我不确定如何编写代码来绘制具有 (x,y) 坐标的大日期集，看起来像这样（这只是数据的一个子集）：

498.178207  1.63399
498.359139 2.28758
498.540102 5.22876
498.721099 1.30719
498.902129 1.30719
499.083191 0.326797
499.264287 1.63399
499.445415 1.63399
499.626576 4.57516
499.807770 1.96078
499.988997 2.94118
500.170257 2.61438
500.351549 4.57516
500.532875 5.22876
500.714233 2.28758
500.895625 2.28758
501.077049 1.30719
501.258506 4.90196
501.439995 6.86275
501.621518 3.26797
501.803074 2.28758

【问题讨论】：

标签： python scatter-plot large-data spectrogram

【解决方案1】：

如果您想在第一张图片上绘制图形，则不需要散点图，它是传统的连续线图。只需保留绘制图形的默认设置而不指定marker ='o', c ='black', yticks()，它会为您提供与第一张图像相同的结果：

plt.title("Spectra")
plt.xlabel('m/z')
plt.ylabel('Intensity')
plt.plot(x, y)
plt.show()

【讨论】：