在 linux/bash 中使用循环添加唯一的输出文件名答案

【问题标题】：Add unique Output files names with loop in linux/bash在 linux/bash 中使用循环添加唯一的输出文件名
【发布时间】：2022-11-18 04:46:21
【问题描述】：

我有 96 个 bam 文件，如何输出带有唯一样本 ID 的 txt 文件？我正在遍历 bam 文件，但需要分配唯一的输出文件。例如：SC845414.txt

#Typical Bam Files:
SC845414-CTGATCGT-GCGCATAT_Aligned.sortedByCoord.out.bam
SC845425-TGTGACTG-AGCCTATC_Aligned.sortedByCoord.out.bam

#!/bin/bash
#SBATCH --mem=110g
#SBATCH --cpus-per-task=12
#SBATCH --time=10-00:00:00

module load python

DIR=/PATH/*

for d in $DIR; do
    python -m HTSeq.scripts.count -s yes -f bam "$d" /PATH1/gencode.v35.annotation.gtf > /PATH3/HTseq/SC845414.txt
done

【问题讨论】：

标签： linux bash loops

【解决方案1】：

这在很大程度上取决于您所说的“样本 ID”的确切含义。

根据您的示例，如果您的意思是“第一个破折号之前的文件名部分”，那么您可以这样做：

for d in $DIR; do
    id=$(basename "$d" | cut -f 1 -d -)
    python -m HTSeq.scripts.count -s yes -f bam "$d" /PATH1/gencode.v35.annotation.gtf > "/PATH3/HTseq/$id.txt"
done

【讨论】：

为什么这个周围有三个“”？ “/PATH3/HTseq/$id.txt”而不仅仅是“id”？
您需要 $ 使其成为变量，因此它需要是 $id，而不是 id。出于多种原因，最好引用其中包含变量的任何内容（请参阅here）。好吧，除非你依赖于在引号中不起作用的功能（比如你使用 $DIR，你希望 * 被扩展）。
这就是我得到的：
DIR=/P/A/T/T/SC915966-GCGTCATT-CAGACGTT_Aligned.sortedByCoord.out.bam
id=$(printf '%s' "$DIR" | cut -f 1 -d -)

【解决方案2】：

相同的; 但使用内置变量插值而不是调用 basename 和 cut

for d in $DIR; do
    fname=${d##/*}
    python -m HTSeq.scripts.count -s yes -f bam "$d" /PATH1/gencode.v35.annotation.gtf > "/PATH3/HTseq/${fname%%-*}.txt"
done

（也进行了编辑以去除任何主要路径）

不幸的是，一次剥离变量的前导和尾随部分超出了我的范围（目前）。

似乎应该可以看到： https://www.thegeekstuff.com/2010/07/bash-string-manipulation/

（没有隶属关系或背书；只是第一次相关的网络搜索）

【讨论】：

这是 sh 兼容还是只是 bash？
bash 据我所知，tcsh 有一些其他约定，我已经忘记了