处理来自 MISA 的 gff 文件

Question

用基序长度替换 BED 文件中的整列

我正在使用 MISA 挖掘 STR，我从 gff 文件中收集数据以制作包含 5 列的 BED 文件。染色体|开始|结束|基序长度|基序。但是第四列显示重复次数example of my BED file

我想将第 4 列替换为基序长度.

for i in perfect.SSR_MISA.bed; do awk '{OFS="\t"} n=$5 q=$(expr length "$n") {print $1, $2, $3, q, $5}' >> perfect.SSR_MISA.bed; sleep 1; done

我试过了但是没用

Answer 1

1. 不要使用循环，只使用文件作为参数。 awk 将在行上循环
2. 你的长度表达式是错误的，见：https://riptutorial.com/awk/example/17378/length--string--
3. 不要对输入和输出使用相同的文件名。这只会清空您的输入文件

   awk '{OFS="	"} q=length($5) {print $1, $2, $3, q, $5}' perfect.SSR_MISA.bed > perfect.SSR_MISA.result.bed