按样本分组进行统计检验答案

【问题标题】：Grouping by sample for statistical test按样本分组进行统计检验
【发布时间】：2022-11-13 19:23:40
【问题描述】：

我正在尝试进行单向方差分析测试，以查看不同的读者是否会对鱼耳骨的测量年龄产生影响。每个读者都测量了相同的样本，我正在尝试对样本进行分组，然后对每个样本中的读者是否影响年龄进行方差分析。

以下是数据示例：

Sample <- c("A", "B", "C", "A", "B", "C", "A", "B", "C" )
Age <- c(4, 5, 6, 5, 5, 5, 7, 2, 4)
reader_ID <- rep(1:3, each = 3)

df <- data.frame(Sample, Age, reader_ID)

one_way <- aov(Age ~ reader_ID, data = df)
summary(one_way)

这只是将读者与年龄进行比较，并没有考虑样本。

我将如何对样本进行分组以分析年龄和读者？

【问题讨论】：

标签： r data-analysis

【解决方案1】：

鉴于您的嵌套数据结构，您可能希望使用混合模型。例如，您可以使用lme4::lmer()为样本拟合具有随机截距的混合线性模型：

library(lme4)
library(broom.mixed)

mdl <- lmer(Age ~ reader_ID + (1 | Sample), data = df) 

# model summary
glance(mdl)

# A tibble: 1 × 7
   nobs sigma logLik   AIC   BIC REMLcrit df.residual
  <int> <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl>    <dbl>       <int>
1   300  2.32  -684. 1375. 1390.    1367.         296

# coefficients
tidy(mdl, conf.int = TRUE)

# A tibble: 4 × 8
  effect   group    term            estimate std.error statis…¹ conf.…² conf.h…³
  <chr>    <chr>    <chr>              <dbl>     <dbl>    <dbl>   <dbl>    <dbl>
1 fixed    <NA>     (Intercept)      4.98      0.291      17.1   4.41    5.55   
2 fixed    <NA>     reader_ID       -0.00776   0.00465    -1.67 -0.0169  0.00134
3 ran_pars Sample   sd__(Intercept)  0.187    NA          NA    NA      NA      
4 ran_pars Residual sd__Observation  2.32     NA          NA    NA      NA      
# … with abbreviated variable names ¹statistic, ²conf.low, ³conf.high

扩展示例数据：

set.seed(13)
Sample <- rep(c("A", "B", "C"), 100)
Age <- sample(1:8, 300, replace = TRUE)
reader_ID <- rep(1:100, each = 3)
df <- data.frame(Sample, Age, reader_ID)

【讨论】：