我可以在 nextflow 配置中使用多个 conda 环境吗？答案

【问题标题】：Can I use multiple conda environments in the nextflow config?我可以在 nextflow 配置中使用多个 conda 环境吗？
【发布时间】：2022-11-10 23:58:43
【问题描述】：

我正在 Nextflow 中编写一个管道，并希望使用多个不同的 conda（现有）环境来避免工具安装和共享管道的特定模块的不一致。 Nextflow 文档指出，最佳实践是在 nextflow.config - see here. 中指定 conda 环境。但是，声明只是process.conda，似乎适用于所有进程，而不是特定于进程。

我知道我可以在each process 中指定一个现有的 conda 环境，但我正在努力遵守可移植性的最佳实践。

由于我无法在网上找到有关此特定问题的任何文档，因此我在配置文件中尝试了以下声明：

profiles {
    conda {
        process.conda = "something" // works but single env for all processes
        fastqc.conda = "something" // where fastqc is the name of the process - FAILS
        process.fastqc.conda = "something" // FAILS
    }
}

我也试过：

profiles {
    conda {
        process {
            withName: fastqc {
                 process.conda = "something"
            }
        }
    }
}

这也因错误而失败：unknown config attribute withName

有趣的是，

process {
        conda {
            withName: fastqc {
                 process.conda = "something"
            }
        }
    }

确实允许我为每个进程运行不同的 conda 环境，但不能通过 -profile 选项打开和关闭（因为指定配置文件块会破坏它）。

【问题讨论】：

标签： conda config nextflow

【解决方案1】：

不确定是否有“最佳实践”，但我认为通常的方法是创建一个单独的 Conda 配置文件并使用 withName 或 withLabel process selectors 使用 conda 指令指定环境。例如，conf/conda.config 的内容可能如下所示：

process {

    withLabel: 'fastqc' {
        conda = 'fastqc=0.11.8=1'
    }

    withName: 'cutadapt' {
        conda = 'cutadapt=2.10=py37h516909a_0'
    }
}

然后，在您的nextflow.config 中包含一个“conda”配置文件以包含上述配置文件并启用 Conda 环境的使用。请注意，在 Nextflow 的较新版本中现在需要后者：

includeConfig 'conf/base.config'

profiles {

    'conda' {
        includeConfig 'conf/conda.config'
        conda.enabled = true
    }

在上面的示例中，conf/base.config 将始终被应用，无论配置文件如何，并且可能包含通常的 cpus/memory/time 指令和 errorStrategy 等。

【讨论】：