尝试使用 ggmsa 进行 MSA 时出现 Biostrings 中的错误答案

【问题标题】：ERROR in Biostrings while trying to MSA using ggmsa尝试使用 ggmsa 进行 MSA 时出现 Biostrings 中的错误
【发布时间】：2022-11-02 21:06:52
【问题描述】：

我想在 3 个物种（大鼠、斑马鱼和 pupfish）中做一个相同肽的 msa，并将它与我拥有的 2 个合成肽（M35 和 M871）匹配（发现相同的身份/差异），但我得到以下构建向量后的错误：

Library (ggmsa)
galanin_table <- c("MACSKHLVLFLTILLSLAETPDSAPAHRGRGGWTLNSAGYLLGPVLHLSSKANQGRKTDSALEILDLWKAIDGLPYSRSPRMTKRSMGETFVKPRTGDLRIVDKNVPDEEATLNL", "Rat", "MHRCVGGVCVSLIVCAFLTETLGMVIAAKEKRGWTLNSAGYLLGPRRIDHLIQIKDTPSARGREDLLGQYAIDSHRSLSDKHGLAGKREMPLDEDFKTGALRIADEDVVHTIIDFLSYLKLKEIGALDSLPSSLTSEEISQP", "Zebrafish", "MQRSFAVFCVSLIFCATLSETIGLVIAAKEKRGWTLNSAGYLLGPRRIDHLIQIKDSPSARGRDELVNQYGIDGHRTLGDKAGLAGKRDMAQEDDVRTGPLRIGDEDIIHTVIDFLSYLKLKEMGALDSLPSPLTSDELANP", "Pupfish", "GWTLNSAGYLLGPPPGFSPFR","M35", "WTLNSAGYLLGPEHPPPALALA","M871")

galanin_matrix <- matrix(galanin_table, byrow=T, nrow=5)
galanin_table <- as.data.frame(galanin_matrix, stringsAsFactors = F)
colnames(galanin_table) <- c("Sequences", "Species")
galanin_table <- as.data.frame(galanin_table)
galanin_list <- as.list(galanin_table)
galanin_asvector <- as.vector(galanin_list)
galanin_asvector_ss <- Biostrings::AAStringSet(x= galanin_asvector)

（函数（类，fdef，mtable）中的错误：无法为签名“字符”找到函数“seqtype”的继承方法

可能我以错误的方式构建向量

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics

【解决方案1】：

您肯定已经开始使用一种有趣的方法将序列导入 R。ggmsa() 期望系统文件以识别格式（如 FASTA）或序列的 XStringSet 对象来识别序列。我不知道你是否真的将你的序列存储在一个字符串中，或者这只是在这个例子中包含它们的一个简单途径，但假设这就是你所拥有的，这应该让你开始：

# load in decipher for the aligner
suppressMessages(library(DECIPHER))
# load in ggmsa
library(ggmsa)

# your sequences
galanin_table <- c("MACSKHLVLFLTILLSLAETPDSAPAHRGRGGWTLNSAGYLLGPVLHLSSKANQGRKTDSALEILDLWKAIDGLPYSRSPRMTKRSMGETFVKPRTGDLRIVDKNVPDEEATLNL", "Rat", "MHRCVGGVCVSLIVCAFLTETLGMVIAAKEKRGWTLNSAGYLLGPRRIDHLIQIKDTPSARGREDLLGQYAIDSHRSLSDKHGLAGKREMPLDEDFKTGALRIADEDVVHTIIDFLSYLKLKEIGALDSLPSSLTSEEISQP", "Zebrafish", "MQRSFAVFCVSLIFCATLSETIGLVIAAKEKRGWTLNSAGYLLGPRRIDHLIQIKDSPSARGRDELVNQYGIDGHRTLGDKAGLAGKRDMAQEDDVRTGPLRIGDEDIIHTVIDFLSYLKLKEMGALDSLPSPLTSDELANP", "Pupfish", "GWTLNSAGYLLGPPPGFSPFR","M35", "WTLNSAGYLLGPEHPPPALALA","M871")

# grab your sequnces, c(T,F) will recycle over the original vector to select
# a 1,3,5,7,etc pattern
# conversely c(F,T) can grab the names in the opposite pattern
seqs <- AAStringSet(galanin_table[c(T,F)])
names(seqs) <- galanin_table[c(F,T)]

# align your sequences
ali <- AlignSeqs(seqs)

# call ggmsa
ggmsa(msa = ali,
      color = "Clustal", 
      font = "DroidSansMono",
      char_width = 0.5,
      seq_name = TRUE)

祝你好运！

【讨论】：