在 nextflow 中将多个输出块合并到一个文件中答案

【问题标题】：Merge multiple output chunks to one file in nextflow在 nextflow 中将多个输出块合并到一个文件中
【发布时间】：2022-11-02 04:04:10
【问题描述】：

我有一个输出多个文件的 nextflow 流程，如下所示：

[chr1,/path/to/chr1_chunk1.TC.linear]
[chr1,/path/to/chr1_chunk1.HDL.linear]
[chr1,/path/to/chr1_chunk2.TC.linear]
[chr1,/path/to/chr1_chunk2.HDL.linear]
.....

上面的例子是我使用transpose() 运算符后得到的。

现在，我想将所有块和所有染色体连接在一起，按块和染色体编号排序，这样我得到一个 TC 文件和另一个 HDL 文件。我在很多块中有多个特征，所以这个链接没有帮助。 output files (chromosomal chunks) merging in nextflow 有什么帮助吗？

【问题讨论】：

标签： nextflow

【解决方案1】：

您可以使用branch 和collectFile 运算符的组合。请看下面的目录结构（其中 .linear 文件以它们的名称作为内容）：

➜  sandbox tree .
.
├── ex1.HDL.linear
├── ex1.TC.linear
├── ex2.HDL.linear
├── ex2.TC.linear
├── ex3.HDL.linear
├── ex3.TC.linear
└── example.nf

我写了以下最小的可重现示例：

workflow {
  files = Channel.fromPath('**.linear', checkIfExists: true)
  files
    .branch {
      TC: it.toString().contains('TC')
      HDL: it.toString().contains('HDL')
    }
    .set { result }
  result
    .TC
    .collectFile(name: 'TC.txt', storeDir: '/Users/mribeirodantas/sandbox')
  result
    .HDL
    .collectFile(name: 'HDL.txt', storeDir: '/Users/mribeirodantas/sandbox')
}

使用nextflow run example.nf 运行此管道后，我将在/Users/mribeirodantas/sandbox 文件夹中获得两个新文件：TC.txt 和HDL.txt。例如TC.txt的内容为：

ex2.TC.linear
ex3.TC.linear
ex1.TC.linear

【讨论】：