R程序版本问题答案

【问题标题】：R Program Version issueR程序版本问题
【发布时间】：2022-11-01 16:16:55
【问题描述】：

结果在版本 3.6 和 4.1 中有所不同。

我在 ubuntu server(18) 中的 R(3.6) 代码运行良好，但 ubuntu 20 R(4.1) 中的相同代码运行非常糟糕。看看这个捕获 Issue with R Version

此代码的目的是通过除以总和来规范化列。

谢谢大家。

【问题讨论】：

在 R 3.6 中，读入数据帧的字符向量默认被解释为因子。在 R 4.1 中，它们被保存为字符向量。您可以看到字符向量中元素周围引号的差异。如果要将列保留为因子变量，请在 R 4.1 中创建数据框的调用中包含 stringsAsFactor = TRUE 。
您的代码已损坏，并且在 R 3.6 下可能会给出错误的结果。当迁移到 R 4.0 时，R 实际上改进了这种错误行为，因此它现在为您提供 NA，而不是误导、正确但错误的结果。
图像不是发布数据或代码的好方法。请参阅 this Meta 和 relevant xkcd。正确发布数据和代码，我会投票赞成什么是好的，重要的问题。

标签： r dataframe bioinformatics normalization r-table

【解决方案1】：

请don't post code as an image。还建议发布reproducible example。

无论如何，在 R 3.6 上的示例中，all_bins 是factor。但是，在您的 R 4.1 示例中，all_bins 是一个 character 向量。

这是因为 R 4.0.0 中的 change ：

R 现在使用'⁠stringsAsFactors = FALSE⁠' 默认值，因此默认情况下不再将字符串转换为调用 data.frame() 和 read.table() 的因子。

为了在本地机器上重现服务器行为，当您在本地版本的 R 中读取 bins 时，您需要添加参数stringsAsFactors = TRUE，例如：
bins <- read.csv("path/to/file", stringsAsFactors = TRUE)
这应该可以解决这个特定问题。但是，您可能会在不同的机器上遇到 R 3.6 和 R 4.1 之间的其他差异。我建议在两台机器上运行相同版本的 R 和包，如果你想确保输出相同，可以使用renv。

【讨论】：

请注意，“renv”实际上并不能解决使用不同 R 版本的问题。它会警告不同的版本，但仅此而已。
另外，请注意，仅包括 stringsAsFactors = TRUE，在恢复 R 3.6 行为的同时，实际上并不能修复代码中的错误，被 R 4.0 捕获。也就是说，按因子索引很少能达到预期的效果。在 R 3.6 下，代码很可能产生完全错误的结果。如果结果是正确的，那纯属偶然。