RODBC 无法识别我的 odbc 设置答案

【问题标题】：RODBC not recognizing my odbc settingsRODBC 无法识别我的 odbc 设置
【发布时间】：2012-11-29 00:50:07
【问题描述】：

我在 Red Hat Linux 6 服务器上运行 R 2.15.2。我的目标是通过 RODBC 连接到另一台机器上的 MS SQL Server 数据库。我做了研究，从the microsoft support website 下载并安装了 MS SQL ODBC 驱动程序的 linux 版本。我必须从源代码构建 unixODBC 版本 2.3.0，因为它是 Windows 驱动程序所必需的，并且尚未在 RHL 存储库中（存储库版本是 2.2.14）。

不管怎样，经过一番努力，我终于把驱动安装和配置好了，我可以通过isql命令成功连接到SQL Server数据库：

$ isql -v test testuser testpass
+---------------------------------------+
| Connected!                            |
|                                       |
| sql-statement                         |
| help [tablename]                      |
| quit                                  |
|                                       |
+---------------------------------------+
SQL>

所以我知道我的odbc.ini 和odbcinst.ini 文件已正确设置。

但是，当我尝试从 R 中访问 ODBC 连接时，会发生以下情况：

> test <- odbcDriverConnect('DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass')
Warning messages:
1: In odbcDriverConnect("DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass") :
   [RODBC] ERROR: state IM002, code 0, message [unixODBC][Driver Manager]Data 
   source name not found, and no default driver specified
2: In odbcDriverConnect("DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass") :
   ODBC connection failed

这是 R 中 odbcDataSources 命令的结果：

> odbcDataSources()
named character(0)

我一直在做一些研究，我认为解决方案（尽管我可能错了）可能与正确配置 ODBC 环境变量有关，以便 RODBC 知道去哪里找到odbc.ini。根据我的研究，我发现了以下可能相关的环境变量：$ODBCINI, $ODBCSYSINI, $ODBC_ROOT $ODBC_INCLUDE, and $ODBC_LIBS.我对这些应该设置的内容有一个合理的想法，但我不确定如何永久设置它们，以便 RODBC 可以识别在哪里可以找到合适的文件。

谁能帮我解释一下？我不确定我是否正确理解环境变量在 linux 中的工作原理，尤其是为什么 isql 连接没有问题，但 RODBC 甚至找不到驱动程序/数据源。

注意：当我安装了 unixODBC 的 repo 版本时，RODBC 可以使用 R 中的 install.packages('RODBC') 命令安装得很好。但是，在我从源代码安装 unixODBC 2.3.0 后，RODBC 安装会因为依赖关系而失败问题，我必须使用guide posted here 从源代码安装 RODBC。是否有可能我一开始就没有正确配置 ODBC，这就是我现在遇到问题的原因？

【问题讨论】：

即使在 Windows 中，我也发现 odbcDriverConnect 语句很挑剔，以至于我从来没有让它工作。相反，我使用 odbcConnect('odbc_dsn_entry', uid='username')。我知道 ubuntu 有一个 odbc 管理器，它看起来很像一个 windows 的管理器，但并没有做太多的工作来提供更多帮助，尤其是在 red hat 中。此外，我在 odbc 管理器中将数据库设置为用户和系统 dsn 方面取得了更大的成功。

标签： linux r unixodbc rodbc

【解决方案1】：

哇，我以为我是唯一一个从事这种工作的人。我不得不解决同样的问题，发现最好的解决方案是使用 rjdbc。这更容易配置，因为 linux 或 osx 上的 ODBC 非常参差不齐。 RJDBC 性能非常好，因为它使用本机 ms sql server jar 来执行查询。这是我们的一个脚本中的一个示例。您只需从 microsoft 下载 sqljdbc4.jar，然后将 install.package("RJDBC") 安装到您的环境中。我意识到你正试图让 ODBC 工作，我确实让它在 osx 上工作，但我放弃了由于 linux 的时间。

library(RJDBC);  

drv <- JDBC('com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver', '/usr/local/project/dataproviders/jdbc/sqljdbc4.jar', identifier.quote="'"); 

ch <- dbConnect(drv, 'jdbc:sqlserver://the.server.address.net;databaseName=DataWarehouse', 'USERNAME', 'PASSWORD'); 

allsupp_allprod_allproc <- dbGetQuery(ch, paste("SELECT  [Date], Sum([Fail]) as Numerator, Sum([Pass] + [Fail]) as Denominator,'' as Annotation,'True'  as 'Use for CL' FROM [PSU_YieldData] Group by [Date] Order by [Date]"));

【讨论】：

非常感谢！！ JDBC 比 ODBC 简单得多
它对我还不起作用，但上面的行也不起作用（isql -v test testuser testpass。我正在尝试与 FileMaker 连接：ch <- odbcDriverConnect('driver={FileMaker ODBC};server=serverDNS;database=odbc1;uid=admin;pwd=password;')。任何提示？我还发布了一个问题在这里：stackoverflow.com/questions/40823458/…
@Bobby 您应该尝试使用 RJDBC。您只需要下载并使用 filemaker jdbc 驱动程序。 help.filemaker.com/app/answers/detail/a_id/13603/~/…

【解决方案2】：

找不到驱动是因为你没有指定！我也不明白 DSN 的东西应该如何工作，但这在类似情况下对我有用：

ch <- odbcDriverConnect('driver={SQL Server};server=servername;database=databasename;uid=username;pwd=password;')
sqlQuery(ch,'sql script',stringsAsFactors = FALSE)

当然需要准确。并将 {SQL Server} 替换为您拥有的任何驱动程序。这是棘手的部分。服务器名称与 Management Studio 中下拉菜单中出现的名称相同，在您的情况下可能是“测试”。 isql 必须自动使用正确的驱动程序。

即对于 MySQL，它可能是：

Driver={MySQL ODBC 5.1 Driver};Server=localhost;Database=myDataBase;User=myUsername;Password=myPassword;Option=3;

我只搜索“mysql odbc 连接字符串”而不是任何 R 特定的内容。

【讨论】：

【解决方案3】：

在 Ubuntu Server 中我是这样设置的

编辑 ~/.bash_profile

nano ~/.bash_profile
添加这行

export ODBCINI=/usr/local/etc/odbc.ini export ODBCSYSINI=/usr/local/etc

那么 RODBC 就可以正常工作了。

【讨论】：

【解决方案4】：

在 Mac OS 10.13.3 High Sierra 上配置 unixODBC 后，我也遇到了这个问题。我尝试配置我的 .Renviron 为 ODBCINI 设置一个特定于 R 的环境变量，但 RODBC 仍然不会列出我的数据源名称 (DSN)。此外，尽管能够与 isql 连接，但我无法找到在 ODBCinst.ini 中指定的驱动程序，甚至无法获得与 RODBC::ODBCDriverConnect() 一起使用的连接字符串。

我能够使 JDBC 连接正常工作，但我不想依赖 JVM，而且我已经为 RODBCext 编写了重要的数据库访问代码。

最终的工作很简单：

remove.packages('RODBC')
install.packages('RODBC', type="source")

如果您在 mac 上从源代码安装 RODBC，它似乎可以正确选择 odbc.ini 文件和 odbcinst.ini 文件。

感谢这篇文章对解锁密钥的微妙评论： http://eriqande.github.io/2014/12/19/setting-up-rodbc.html

【讨论】：