将 ls 中的多个 ggplots 保存到 R 中的一个单独文件中答案

【问题标题】：Saving multiple ggplots from ls into one and separate files in R将 ls 中的多个 ggplots 保存到 R 中的一个单独文件中
【发布时间】：2013-12-28 08:06:48
【问题描述】：

我的 ls 上有几个 ggplots 作为对象。我想将它们保存为单独的文件（尽管我也想知道如何将它们全部保存在 1 个大文件中）。我读过这个：question 和question，但我似乎无法调整代码。我还尝试按照here 的建议将它们全部绘制在一个大文件中，但确实会出现此错误：Error in do.call("grid.arrange", plots2[[i]]) : second argument must be a list。在将所有 ggplots 放在一个列表中时，我缺少一些东西。

这是我迄今为止尝试过的：

> ls() #List of objects on my ls. All the p* are my ggplots that I want to save.
[1] "all"     "dat"     "dat2"    "dat3"    "data"    "dlook"   "dlook2"  "dlook3"  "i"       "look2"   "mdfx"   
[12] "objects" "order"   "p"       "p1"      "p10"     "p11"     "p12"     "p13"     "p14"     "p15"     "p16"    
[23] "p17"     "p18"     "p19"     "p2"      "p3"      "p4"      "p5"      "p6"      "p7"      "p8"      "p9"    

> objects<-ls()
> plot<-objects[14:30]
> plots
 [1] "p1"  "p10" "p11" "p12" "p13" "p14" "p15" "p16" "p17" "p18" "p19" "p2"  "p3"  "p4"  "p5"  "p6"  "p7"  "p8"  "p9" 

> class(plots)
[1] "character"

plots2<-as.list(plots)#Transform into a list. 

library(gridExtra) #Code suggested to create one pdf file.
pdf("test.pdf", onefile = TRUE)
for (i in seq(length(plots2))) {
  do.call("grid.arrange", plots2[[i]])  
}
dev.off()

【问题讨论】：

您指向第二个问题的链接与第一个问题相同。另外，您是要在 pdf 的每页上打印一个图，还是将它们一起排列在一页上？
抱歉，这将解决此问题。我想知道如何做这两个选项 1）单独的 pdf 和 2）都在一个大 pdf 中，每页一个情节。
此时，您可能需要mget（另请注意ls 将允许您使用正则表达式查找项目）。但首先将所有地块放在一个预先分配的列表中可能会更简单（也更干净）。
@joran 你能告诉我如何制作清单和分配我的地块吗？或者推荐任何链接/阅读资料？
@GodinA 一旦你阅读了mget 并尝试过，你需要完全放弃 for 循环。 do.call 的重点是你把函数 grid.arrange 和整个 ggplot 对象列表交给它，剩下的事情就交给它了。

标签： r image ggplot2 save

【解决方案1】：

最好将你的地块列在一个列表中

l = mget(plots)

然后你可以简单地逐页打印，

pdf("all.pdf")
invisible(lapply(l, print))
dev.off()

或每个文件保存一个图，

invisible(mapply(ggsave, file=paste0("plot-", names(l), ".pdf"), plot=l))

或将它们全部排列在一页中，

   # On Windows, need to specify device
    ggsave("arrange.pdf", arrangeGrob(grobs = l), device = "pdf")

或将它们 2x2 排列在多个页面中，

  # need to specify device on Windows 
    ggsave("arrange2x2.pdf", marrangeGrob(grobs = l, nrow=2, ncol=2),
device = "pdf")

等等

（未经测试）

【讨论】：

这很有帮助 - 当我尝试使用自己的示例时，它会生成一个空白页面。知道为什么会发生这种情况吗？

【解决方案2】：

请注意，您不必使用 lapply。假设您有一个包含所有图的列表：

MyPlots = list(plot1, plot2, plot3)

只需使用：

pdf("all.pdf")
MyPlots
dev.off()

【讨论】：

【解决方案3】：

如果地块p1、p10等已经存在，并且您希望它们保存为p1.pdf等，那么我认为应该这样做：

lapply(plots,function(x){ggsave(file=paste(x,"pdf",sep="."),get(x))})

ggsave(...) 有许多参数用于指定输出文件的尺寸和格式。

【讨论】：

【解决方案4】：

作为充实 Joran 评论的示例，以及对 Baptiste 回答的补充，这就是您如何初始化列表并将图预先存储在列表中：

plots <- list()
plots[[1]] <- ggplot(...) # code for p1
plots[[2]] <- ggplot(...) # code for p2

## Depending on if your plots are scriptable, you could use a loop

for (i in 3:10) {
    plots[[i]] <- ggplot(...) # code for plot i
}

那么这个列表，plots，对应于 baptiste 的回答中的l。

使用列表时，单括号[ 用于子列表，您必须使用双括号[[ 来获取列表的元素。例如，plots[[1]] 会给你ggplot 对象，它是plots 的第一个元素，但plots[1] 会给你一个包含第一个图作为元素的长度列表。起初这可能看起来令人困惑，但这是有道理的，特别是如果您只想绘制前三个图，那么您可以在 baptiste 的任何示例中使用 myplots[1:3] 而不是 l。（详情请参阅?"["。）

每当您发现自己用数字顺序命名变量时，例如x1、x2、x3，这表明您应该改用列表。

【讨论】：