【问题标题】:svylme produces a "cannot allocate vector of size" errorsvylme 产生“无法分配大小向量”错误
【发布时间】:2022-10-22 14:27:50
【问题描述】:

我正在尝试使用 RStudio 中的 svylme 包对复杂的调查数据执行多级模型,但是在估计空模型时,会出现以下错误:

Error: cannot allocate vector of size 18.1 Gb

我已经使用gc() 函数清除了不需要的对象并清除了地址空间。

我尝试使用 memory.limit()memory.size() 但出现相同的错误:

Warning message:
'memory.limit()' is no longer supported 
Warning message:
'memory.size()' is no longer supported 

这是我的会话信息:

R version 4.2.0 (2022-04-22 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Spanish_Spain.utf8  LC_CTYPE=Spanish_Spain.utf8    LC_MONETARY=Spanish_Spain.utf8
[4] LC_NUMERIC=C                   LC_TIME=Spanish_Spain.utf8    

attached base packages:
[1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] svylme_1.1     jtools_2.2.0   survey_4.1-1   survival_3.3-1 Matrix_1.4-1   dplyr_1.0.9   
[7] haven_2.5.0   

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] nlme_3.1-157        fs_1.5.2            usethis_2.1.5       devtools_2.4.3      RColorBrewer_1.1-3 
 [6] rprojroot_2.0.3     tools_4.2.0         backports_1.4.1     utf8_1.2.2          R6_2.5.1           
[11] rpart_4.1.16        Hmisc_4.7-0         DBI_1.1.3           colorspace_2.0-3    nnet_7.3-17        
[16] withr_2.5.0         tidyselect_1.1.2    gridExtra_2.3       prettyunits_1.1.1   processx_3.5.3     
[21] curl_4.3.2          compiler_4.2.0      cli_3.3.0           gt_0.6.0            htmlTable_2.4.0    
[26] mice_3.14.0         desc_1.4.1          scales_1.2.0        checkmate_2.1.0     callr_3.7.0        
[31] stringr_1.4.0       digest_0.6.29       minqa_1.2.4         foreign_0.8-82      base64enc_0.1-3    
[36] jpeg_0.1-9          pkgconfig_2.0.3     htmltools_0.5.2     lme4_1.1-29         sessioninfo_1.2.2  
[41] fastmap_1.1.0       htmlwidgets_1.5.4   rlang_1.0.2         rstudioapi_0.13     generics_0.1.2     
[46] gtools_3.9.2.1      magrittr_2.0.3      Formula_1.2-4       Rcpp_1.0.8.3        munsell_0.5.0      
[51] fansi_1.0.3         lifecycle_1.0.1     weights_1.0.4       stringi_1.7.6       gtsummary_1.6.0    
[56] MASS_7.3-56         brio_1.1.3          pkgbuild_1.3.1      gdata_2.18.0.1      forcats_0.5.1      
[61] crayon_1.5.1        lattice_0.20-45     splines_4.2.0       pander_0.6.5        hms_1.1.1          
[66] knitr_1.39          ps_1.7.0            pillar_1.7.0        boot_1.3-28         pkgload_1.3.0      
[71] glue_1.6.2          mitools_2.4         latticeExtra_0.6-29 data.table_1.14.2   broom.helpers_1.7.0
[76] remotes_2.4.2       nloptr_2.0.3        png_0.1-7           vctrs_0.4.1         testthat_3.1.4     
[81] gtable_0.3.0        purrr_0.3.4         tidyr_1.2.0         cachem_1.0.6        ggplot2_3.3.6      
[86] xfun_0.31           broom_0.8.0         tibble_3.1.7        memoise_2.0.1       cluster_2.1.3      
[91] ellipsis_0.3.2

关于如何解决它的任何想法?

PD:我使用的是 16 GB RAM i7。

我已经搜索了可能的解决方案,就像this other question 中提出的那样,但我还没有发现任何适合我的特殊情况的解决方案。

【问题讨论】:

  • 你的数据有多大?你想精确拟合什么样的模型?如果 R 试图分配 18GB 而你只有 16GB,那是行不通的。如果你想用 R 来拟合那个模型,你将需要一台更大的计算机。

标签: r memory-limit multilevel-analysis memory-size


【解决方案1】:

您是如何解决 R 版本 4.2.0 中的内存分配问题的?

【讨论】:

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