传递给输入路径\'通配符的参数

Question

我正在 Snakemake 7.2.1 中开发管道。 我有一个保存在config.yaml 中的参数列表，我想将它们传递给脚本。同一个配置文件还包含一个我需要用来运行规则的列表。 config.yaml 的示例：

entry0:
  - 1
  - 2
  - 3
entry1:
  - 1
  - 2
  - 3
entry2:
  - 1
  - 2
  - 3

做到了这一点：

configfile: "config.yaml"
output_folder="/output/path"
variable = config.get("entry0")

rule all:
  input:
    expand(f"{output_folder}/newfile_{{variable}}_{{p1}}_{{p2}}.txt",
           variable = variable, p1 = config.get("entry1"), p2 = config.get("entry2"))

rule run_with_parameters:
  input:
    f"{output_folder}/file_{{variable}}.txt"
  output:
    f"{output_folder}/newfile_{{variable}}.{{params.param1}}_{{params.param2}}.txt"
  params:
    param1 = config.get("entry1"),
    param2 = config.get("entry2")
  shell:
    "awk -v p1={params.param1} -v p2={params.param1} {input} > {output}"

但这不起作用，因为参数也在输入中传递给variable：

MissingInputException in line XX of Snakefile:
Missing input files for rule snp_stats_sibs_all_snps:
    output: /output/path/newfile_1_1_1.txt
    wildcards: variable=1.1_1
    affected files:
        /output/path/file_1.1_1.txt

我还尝试了Paramspace，结果相似（input: 中的所有内容也都得到了扩展）。

我希望 params 仅在我调用它们的输出中被解析，因为 3 个输入文件是相同的。

我怎样才能做到这一点？

Answer 1

Snakemake 会自动从文件名中推导出通配符。例如，您的规则都请求文件/output/path/newfile_1_2_3.txt。

如果您有一条规则 abc 可以将文件名与通配符匹配，例如

rule abc
  output:
    "output/path/newfile_{v1}_{v2}_{v3}.txt"

，则该规则将用于生成请求的文件。

在您的示例中，这意味着您不需要在规则run_with_parameters 中从配置文件中查找参数，因为您可以从文件名中推断出参数。

如果我正确理解您的问题，那么您的示例将如下所示：

configfile: "config.yaml"
output_folder="/output/path"

rule all:
  input:
    expand(f"{output_folder}/newfile_{{variable}}_{{p1}}_{{p2}}.txt",
           variable = config["entry0"], p1 = config["entry1"], p2 = config["entry2"])

rule run_with_parameters:
  input:
    f"{output_folder}/file_{{v1}}.txt"
  output:
    f"{output_folder}/newfile_{{v1}}_{{p1}}_{{p2}}.txt"
  shell:
    "awk -v p1={p1} -v p2={p2} {input} > {output}"

我还用config[] 替换了config.get()，但两者都可以。